肾透明细胞癌铁死亡相关亚型的分析与预后列线图的建立

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:leovvex
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目的:利用生物信息学方法对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)患者进行铁死亡相关亚型分析,筛选与预后显著相关的铁死亡相关基因,并建立列线图。方法:癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载具有临床数据的526例ccRCC患者、72例癌旁正常组织的转录组数据及临床数据。采用围绕中心点划分(Partitioning Around Medoids,PAM)算法确定亚型数量。基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析探索潜在功能与通路。单因素Cox分析、Kaplan-Meier生存曲线分析,最小绝对值收敛和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,Lasso)回归分析和多因素Cox分析筛选ccRCC铁死亡相关基因,并建立列线图。结果:确定了四种ccRCC铁死亡相关亚型,并进行了亚型临床特征及生存特征分析。富集分析发现亚型特征基因与细胞免疫、肿瘤微环境密切相关。筛选得到了10个ccRCC铁死亡相关基因(HMOX1、MT1G、CHAC1、LURAP1L、CXCL2、RRM2、TRIB3、DUSP1、GABARAPL1、ALOX12B)。建立了包含年龄、M分期、病理分期、组织分级和风险评分的列线图,列线图的1、3、5年的ROC曲线下面积分别为0.858、0.809、0.774。结论:确定四种ccRCC铁死亡相关亚型,亚型分型与患者临床预后相关。研究所建立的列线图对ccRCC患者预后有较好的预测能力,模型的ccRCC铁死亡相关基因可作为研究ccRCC发病机制和靶向治疗的靶点。
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