下一代测序技术在儿童罕见血液病中的应用

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背景:儿童中存在一些罕见血液病,比如慢性幼年性粒单核细胞性白血病(juvenile myelomocytic leukemia,JMML)、先天性纯红细胞再生障碍性贫血(Diamond-Blackfan anemia,DBA)、先天性角化不良(Dyskeratosis congenital,DC),发病率低,基因型和临床表型变异性大。目的:探讨JMML突变基因类型与临床特征的关系、转变为急性白血病过程中关键的致病机理。探讨中国儿童DBA基因突变特点。寻找DC伴骨髓衰竭患儿基因型和临床表型之间的关系。方法:该研究设计了一个覆盖面较广的基因panel,运用下一代测序(Next-generation sequencing,NGS)技术对JMML、DBA、DC患儿的突变基因进行检测。其中7例转变为急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)的JMML病例,对患儿JMML初诊期、转变为AML样本配对,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)。结果:除了经典的Ras通路驱动基因PTPN11、NF1、NRAS、KRAS、CBL,我们还检测到JAK-STAT信号通路、PRC2介导的致癌基因和抑癌基因表观遗传修饰、转录因子、剪接复合体等其他一些继发性突变,包括SETBP1、JAK3、JAK2、ASXL1、EZH2、FOXN1、SRSF2。相较于诊断时体细胞突变数目=1的JMML患儿,突变数目≥2的患儿无事件生存率(event-free Survival,EFS)明显减少(27.3%±13.4%.vs.74.1%±9.2%,P=0.013)。而我们的研究中未发现驱动基因突变类别与预后的相关性。JMML患儿在转变为AML时,可以检测到JAK2基因的错义突变、JAK3基因大片段的杂合性缺失、RB1和CDKN2A基因的缺失。该研究检测到两个新的突变:RPS19基因c.383A>C和RPL35A c.16T>G导致患儿产生DBA表型。DC患儿中发现两个新的突变TINF2c.865C>G和TINF2 c.1241A>G,导致患儿早期发生重型骨髓衰竭。结论:诊断时体细胞突变的数目,而不是突变类型,具有更强的预后判断价值。除了Ras通路基因的驱动作用外,其它一些继发性突变对JMML疾病的发生和转归具有重要意义。NGS技术在罕见血液病的诊断中可以作为一个有效、有力的工具。
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