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目的:
分析NGS检出的病原体情况,探讨NGS在PICU病原学检测中的应用价值。方法:
对2018年6月-2019年6月华中科技大学同济医学院附属同济医院送检的479例患儿的NGS结果进行回顾性研究,将NGS与培养法对比,评估NGS对病原菌的诊断价值,并分析NGS检出的病原体分布情况。
结果:
1.我院PICU送检NGS的总阳性率为86.43%,显著高于培养的阳性率19.83%(P<0.001)。三种主要送检标本中,肺泡灌洗液的阳性率最高,为96.15%,血标本的阳性率为77.89%,脑脊液的阳性率最低,为63.41%(P<0.001)。
2.在479份标本中,206份标本检出病毒,64份标本检出真菌,而培养仅检出14例[OR5.12,95%CI(2.83-9.27);P<0.01]。
3.未使用抗菌药物的患者中,NGS的阳性率为70.00%,高于培养的阳性率50.00%,无统计学差异(P=0.625);在使用抗菌药物组中,NGS的阳性率为86.78%,高于培养的阳性率18.98%,有显著的统计学差异(P<0.001)。
4.感染组送检标本451例,42例未检出任何病原体,62例阳性无临床意义,非感染组送检标本28例,5例NGS检出阳性,考虑为定植菌(60.00%)或潜在感染可能(40.00%)。根据以上数据计算,NGS检测法的灵敏度为78.29%,特异度为82.14%。
5.婴儿组、幼儿组及学龄前组的病毒检出率高于年长儿组(P<0.001);婴儿组的细菌检出率显著高于幼儿组、学龄前组及年长儿组(P<0.001);真菌的检出率在不同年龄间的差异不大;随着年龄的增长,肺炎支原体检出率逐渐增高,其中学龄前及年长儿组的检出率明显高于婴儿组(P<0.008)。将感染的病原体种按类划分为细菌、病毒、真菌、支原体/衣原体、寄生虫五种,162份标本检出两种及两种以上病原体。
结论:
1.我院PICU送检的NGS的总阳性率为86.43%,在肺泡灌洗液、血液、脑脊液这三大标本中,肺泡灌洗液的阳性率最高,为96.15%,其次为血标本77.89%,脑脊液的阳性率最低,为63.41%,不同标本阳性率与疾病种类有关。
2.NGS检测受抗菌药物使用的影响较小,其阳性率显著高于培养,尤其是在检测病毒、部分苛养菌及真菌方面,检测速度也快于培养,可以很好地指导临床诊治,同时NGS可通过检测病原体的序列数对治疗效果的进行直观评估。
3.NGS诊断感染性疾病的灵敏度为78.29%,特异度为82.14%,具有较高的病原体诊断价值,是临床值得推广的检测方式。
4.不同年龄段的患者,其感染的病原体不同。本研究中,婴儿组的细菌检出率最高,年长儿组的病毒检出率最低,真菌的检出率在不同年龄间的差异不大,肺炎支原体的检出率随着年龄的增长而逐渐增高。33.82%的患者为两种及两种以上病原体的混合感染。
分析NGS检出的病原体情况,探讨NGS在PICU病原学检测中的应用价值。方法:
对2018年6月-2019年6月华中科技大学同济医学院附属同济医院送检的479例患儿的NGS结果进行回顾性研究,将NGS与培养法对比,评估NGS对病原菌的诊断价值,并分析NGS检出的病原体分布情况。
结果:
1.我院PICU送检NGS的总阳性率为86.43%,显著高于培养的阳性率19.83%(P<0.001)。三种主要送检标本中,肺泡灌洗液的阳性率最高,为96.15%,血标本的阳性率为77.89%,脑脊液的阳性率最低,为63.41%(P<0.001)。
2.在479份标本中,206份标本检出病毒,64份标本检出真菌,而培养仅检出14例[OR5.12,95%CI(2.83-9.27);P<0.01]。
3.未使用抗菌药物的患者中,NGS的阳性率为70.00%,高于培养的阳性率50.00%,无统计学差异(P=0.625);在使用抗菌药物组中,NGS的阳性率为86.78%,高于培养的阳性率18.98%,有显著的统计学差异(P<0.001)。
4.感染组送检标本451例,42例未检出任何病原体,62例阳性无临床意义,非感染组送检标本28例,5例NGS检出阳性,考虑为定植菌(60.00%)或潜在感染可能(40.00%)。根据以上数据计算,NGS检测法的灵敏度为78.29%,特异度为82.14%。
5.婴儿组、幼儿组及学龄前组的病毒检出率高于年长儿组(P<0.001);婴儿组的细菌检出率显著高于幼儿组、学龄前组及年长儿组(P<0.001);真菌的检出率在不同年龄间的差异不大;随着年龄的增长,肺炎支原体检出率逐渐增高,其中学龄前及年长儿组的检出率明显高于婴儿组(P<0.008)。将感染的病原体种按类划分为细菌、病毒、真菌、支原体/衣原体、寄生虫五种,162份标本检出两种及两种以上病原体。
结论:
1.我院PICU送检的NGS的总阳性率为86.43%,在肺泡灌洗液、血液、脑脊液这三大标本中,肺泡灌洗液的阳性率最高,为96.15%,其次为血标本77.89%,脑脊液的阳性率最低,为63.41%,不同标本阳性率与疾病种类有关。
2.NGS检测受抗菌药物使用的影响较小,其阳性率显著高于培养,尤其是在检测病毒、部分苛养菌及真菌方面,检测速度也快于培养,可以很好地指导临床诊治,同时NGS可通过检测病原体的序列数对治疗效果的进行直观评估。
3.NGS诊断感染性疾病的灵敏度为78.29%,特异度为82.14%,具有较高的病原体诊断价值,是临床值得推广的检测方式。
4.不同年龄段的患者,其感染的病原体不同。本研究中,婴儿组的细菌检出率最高,年长儿组的病毒检出率最低,真菌的检出率在不同年龄间的差异不大,肺炎支原体的检出率随着年龄的增长而逐渐增高。33.82%的患者为两种及两种以上病原体的混合感染。