随着高等教育收费制度的实行，高等教育的收费标准和收费结构等问题引起了人们的重视，成为社会各界关注的热点。本文针对高等教育收费标准单一性问题，指出我国高等教育收费的功能仅仅停留于成本的，补偿与分担，还没有成为高等教育的价格机制，从而无法利用它来提高高校的办学效率，优化高等教育资源的配置。为此，本文提出高等教育应该差别收费的观点，并运用经济学理论和相关统计数据对这一问题作了较全面的分析和论证，即不同高等学校所提供教育的质量差异要求优质能优价；“热门专业”与“冷门专业”收费对高等教育个人收益率的偏离而造成的拥挤效应要求专业收费加大差别；应用学科和基础学科对社会正外部性的大小不同呼唤着学科收费差别合理化；基于公民资源禀赋差异而导致的高等教育的失学问题，只有通过资助和奖励等隐蔽手段来使个人收费差别化才能得以解决。文章的第三部分则运用经济学的相关理论对高等教育差别收费的经济意义进行了深入分析，得出实行高等教育差别收费将是一个社会福利增进的过程，从而价格手段——差别收费参与高等教育资源配置问题是必然和必要的。在此基础上，本文提出了高等教育差别收费的实践构想，初步探讨了高等教育差别收费的操作与实施，提出了在遵守收益者付费原则、选择偏好原则、动态原则、支付能力原则等四大原则的基础上，建立完善的高等教育差别收费的形成机制、控制机制、辅助机制，高等教育收费制度才能更加合理规范，资源配置趋向于社会最优。