区域创新系统是国家创新系统的重要组成部分,是区域经济和科技发展的基础。当前我国创新人力和财力投入不足是我国区域创新系统创新能力提高的瓶颈。同时,人力投入和财力投入的内部结构也成为影响人力资源和财力资源利用效率的重要因素。由于创新系统人力和财力投入不足受到宏观经济等众多因素的影响,因此无法在短期内解决。通过研究区域创新系统投入与产出结构,来揭示区域创新系统内资源配置效率的演化规律,进而提高区域创新系统内资源配置效率,成为一个既影响微观企业创新行为,又影响宏观区域可持续性发展的重要课题。在此背景下,如何在考虑到具体区域生产特征的基础上,研究区域创新系统资源配置效率的演化规律,以及基于资源投入的区域创新系统创新机制,弥补跨地区比较研究的缺陷,成为一个既影响微观企业创新行为,又影响宏观区域可持续性发展的重要课题。本文首先对区域创新系统资源配置效率的核心概念进行探讨和界定,在此基础上,分析了典型区域创新系统的演进历程,归纳了区域创新系统的发展阶段,构架了区域创新系统发展阶段识别模型,并通过实证研究验证了模型的有效性。其次,构建了区域创新系统资源配置效率评价指标体系和调节变量体系,通过实证研究提炼了区域创新系统投入和产出结构,研究了我国区域创新系统资源配置模式,并通过三阶段DEA模型评价了1995年至2005年上海市区域创新系统的资源配置效率,归纳了区域创新系统的资源配置效率的三条演进规律。再次,通过高级计量方法分析了环境因素对区域创新系统的资源配置效率的边际影响;最后,构建了基于资源要素投入的区域创新系统资源的创新机制模型,通过结构方程模型对理论假设进行了验证,并根据理论与实证研究提出驱动我国区域创新系统资源配置效率提高的政策启示与对策建议。