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【目的】本研究回顾了近二十年于上海交通大学医学院附属仁济医院收治的胃肠间质瘤（gastrointestinal stromal tumor,GIST）病例,分析GIST患者的临床病理及基因突变特征等方面与预后及伊马替尼疗效的影响;分析讨论易误诊胃肠间质瘤的术前诊断及鉴别诊断要点;通过表达谱芯片等手段来探究Hedgehog（Hh）信号通路在胃肠间质瘤预后及伊马替尼疗效中的作用。【方法】（1）回顾1997年11月至2016年12月上海交通大学医学院附属仁济医院普外科和胃肠外科收治1063例GIST病例,比较临床病理特征对GIST预后的影响;（2）收集接受基因检测的514例GIST病例,分析基因突变不同特征与预后及伊马替尼疗效的相关性;（3）收集2015年7月至2017年2月经仁济医院胃肠外科多学科团队（multidisciplinarity team,MDT）讨论的胃肠间质瘤易误诊病例,通过病例讨论分析术前诊断及鉴别诊断要点;（4）利用表达谱芯片、PCR、细胞实验等手段来探究Hedgehog（Hh）信号通路及相关蛋白在胃肠间质瘤预后及伊马替尼耐药中的作用。【结果】（1）在本组1063例GIST病例中,原发于胃637例（59.9%）,小肠255例（24.0%）,十二指肠44例（4.1%）,直肠37例（3.5%）,结肠18例（1.7%）,其他部位（包括系膜、腹膜、网膜,膈肌等）72例。手术方式来看,传统手术612例（包含开腹手术及经肛门直肠肿块切除25例）,占57.6%,腹腔镜手术240例（22.6%）,内镜下切除162例（15.2%）,双镜联合切除49例（4.6%）。根据修订版NIH标准进行危险度分级,极低危199例（18.7%）,低危383例（36.0%）,中危145例（13.7%）,高危336例（31.6%）。免疫组化检测CD34阳性率为81.2%（863/1063）,S-100阳性率为14.1%（150/1063）,CD117阳性率为88.1%（936/1063）,SMA阳性率为35.4%（376/1063）,DOG-1阳性率92.8%（759/818）。1063例患者1、3、5年总生存率（overall survival,OS）分别为98.0%,93.9%,89.7%,无病生存率（disease-free survival,DFS）分别为95.3%、89.7%、82.1%,极低危、低危、中危、高危患者5年DFS分别为100.0%、98.0%、93.8%、57.4%,5年OS分别为100.0%、98.5%、94.4%、78.5%。通过单因素分析及多因素COX回归分析发现,NIH分级、肿瘤部位、肿瘤最大径和核分裂象是GIST患者术后长期生存和无病生存的独立影响因素。接受IM治疗的患者1、3、5年无病生存率分别为95.4%、89.1%、85.9%,而未接受IM治疗的患者1、3、5年无复发生存率分别为91.8%、69.6%和56.1%,差异有统计学意义。（2）514例接受基因检测病例中,肿瘤原发部位胃276例（53.7%）,十二指肠-小肠161例（31.3%）,结直肠14例（2.7%）,其他部位（包括子宫、系膜等）63例（12.3%）。根据NIH危险度分级,极低危26例（5.1%）,低危150例（29.2%）,中危111例（21.6%）,高危227例（44.2%）。c-kit基因突变454例,PDGFRA基因突变27例,野生型病例33例。c-kit基因11外显子突变393例,9外显子突变52例,13外显子突变7例,17外显子突变2例,PDGFRA基因18外显子突变21例,12外显子突变6例。c-kit基因11外显子突变中,缺失突变211例,占53.7%（211/393）;点突变180例,占45.8%（180/393）;重复突变35例,占8.9%（35/393）;有42例同时存在两种突变。c-kit基因突变中非11外显子突变GIST在男性及非胃组织中更好发;含有缺失突变、重复突变的病例肿瘤最大径更大,核分裂象更高。在预后分析中,发生PDGFRA突变的GIST病例预后相对较好,c-kit突变病例预后次之,而野生型预后最差;含有缺失突变的病例预后更差;在c-kit 11外显子缺失突变中,单密码子累及的缺失突变预后更好;累及单个密码子的不同突变类型（点突变/缺失突变）病例的预后无统计学差异。中高危患者中仅含缺失突变的患者预后更差,多个密码子累及的病例预后更差。多个密码子累及的突变预后更差,具有更强的伊马替尼耐药性。（3）胃肠间质瘤尤其是小于5cm的胃肠间质瘤术前诊断及鉴别诊断有一定难度,综合超声胃镜、超声造影、增强CT、增强MRI及DWI检查,并多学科医生联合讨论,对胃间质瘤的确诊能够起到很大的作用。（4）高危胃肠间质瘤中,Gli1～3及SMO的表达量相较于中低危胃肠间质瘤有明显升高,而PTCH1表达明显减少。通过单因素分析及多因素COX回归发现,PTCH1表达越高,SMO表达越低,GIST预后更好。在GIST-T1伊马替尼耐药细胞中,SMO的表达显著高于非耐药株。对GISTT1耐药株的SMO干扰后,GIST-T1耐药株细胞对伊马替尼的耐药性降低。【结论】（1）NIH分级、肿瘤原发部位、肿瘤大小及核分裂象是影响GIST患者术后长期生存和无病生存的独立因素。IM治疗可提高GIST患者的DFS及OS。（2）在基因突变的不同特点中,突变类型（点突变/缺失突变）及密码子累及个数（单密码子/多密码子）与GIST患者预后有统计学差异;含点突变的GIST病例预后更好、含缺失突变的GIST预后更差的根本原因或许是因为95.6%（172/180）的点突变累及单个密码子,而73.0%（154/211）的缺失突变累及多个密码子;根据NIH危险度分级,单个密码子累及的中危病例预后优于多个密码子累及的低危病例,提示目前对于GIST危险度的分级标准尚不完善,突变累及密码子个数与GIST的危险度相关,可起到重要评判作用;突变累及密码子个数与靶向药物伊马替尼的敏感性相关。（3）综合超声胃镜、超声造影、增强CT、增强MRI及DWI检查,并多学科医生联合讨论,对胃间质瘤的确诊能够起到很大的作用。（4）PTCH1表达越高,SMO表达越低,GIST预后更好。SMO的表达水平与GIST伊马替尼耐药性呈正相关。