[目的]本研究旨在探讨血液样本中CD90、EpCAM和CD133标记的循环肿瘤细胞的表达水平,分析其与肝细胞癌患者的早期诊断、临床病理特征、分期预测、及预后评估的应用价值。[方法]选取2019年10月至2021年1月期间在昆明医科大学第三附属医院肝胆胰外科就诊的原发性肝癌患者65例作为研究组（未接受过抗肿瘤药物治疗）,同期就诊的肝良性肿瘤患者10例作为对照组,同时选取健康体检者12例作为阴性对照组。在治疗前1天,所有受试者均采集7.5 mL外周血,采用密度梯度离心法和多参数高通量流式细胞技术（Flow cytometry,FCM）联合检测荧光抗体CD90、EpCAM和CD133标记的循环肿瘤细胞,结合荧光信号和FSC/SSC分析干细胞标志物CD90、EpCAM和CD133表达情况。分析肝恶性肿瘤组和肝良性肿瘤组两组之间CD90+CTC、EpCAM+CTC和CD 133+CTC的数目和临床中常用于HCC诊断的血清学标志物如:甲胎蛋白（AFP）、异常凝血酶原（DCP）、α-L-岩藻糖苷酶（AFU）的表达水平差异,探究联合CTC和血清学标志物对HCC的诊断作用,计算灵敏度、特异度以及ROC曲线下面积,并绘制ROC曲线。采用t检验或非参数检验分析计数资料,卡方检验分析CD90+CTC、EpCAM+CTC和CD133+CTC的阳性率与肝癌患者临床病理特征的关系;跟踪随访病人,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线;多因素COX风险回归模型分析影响肝细胞癌患者预后的相关因素。[结果]1.65例肝癌患者组外周血中检出CD90+CTC 48例（73.8%）,10例肝良性肿瘤患者检出 1 例（10.0%）（χ2=12.907,p=0.000）;肝癌组检出 EpCAM+CTC 22 例（33.8%）,肝良性肿瘤患者检出 1 例（10.0%）（χ2=1.332,p=0.248）;肝癌组检出CD133+CTC的肝癌患者均为22例（33.8%）,肝良性肿瘤患者检出4例（40.0%）（χ2=0.001,p=0.981）;CD90+CTC、EpCAM+CTC 和 CD133+CTC在健康受试者中均未检测到。2.本实验中,肝细胞癌的诊断评价结果显示,CD90+CTC诊断肝细胞癌的敏感度为 66.15%,特异度为 100.0%,AUROC 为 0.852,95%CI=0.783～0.920,p<0.0001;AFP诊断肝细胞癌的敏感度为83.08%,特异度为100.0%,AUROC为0.932,95%CI=0.875～0.990,p<0.0001;CD90+CTC 联合 AFP 检测诊断的敏感度为 89.23%,特异度为 100.0%,AUROC=0.977,95%CI=0.945～1.000,p<0.0001;联合检测对肝细胞癌的诊断作用优于单一指标的检测。3.CTC与HCC患者的临床病理因素相关性分析:CD90+CTC的表达与门静脉癌栓（χ2=4.879,p=0.027）、患者年龄（χ2=5.092,P=0.024）、TNM 分期（p=0.032）、BCLC 分期（χ2=7.088,p=0.029）呈显著性相关;CD90+CTC 的表达与疾病进展极有可能相关（p=0.054）。EpCAM+CTC的表达与HCC患者疾病进展（p=0.043）呈显著性相关;EpCAM+CTC的表达与TNM极有可能相关（p=0.055）。CD133+CTC的表达与患者有无饮酒史有关（χ2=6.414,p=0.011）。4.CD90+CTC、EpCAM+CTC 和 CD133+CTC 的表达与 HCC 患者的 T 细胞亚群（CD4+Th、CD8+Ts、Th/Ts、CD3+T）、NK 细胞、IFN-γ 和细胞因子（IL-10、IL-2、IL-4、IL-6、TNF-α）的检测水平,无显著统计学差异（p>0.05）。5.单因素分析PFS结果显示:EpCAM+CTC患者的无进展生存期明显低于EpCAM-CTC 患者（10.352±1.968 个月 vs.13.627±1.091 个月,p<0.05）;有门脉癌栓患者的PFS低于无门脉癌栓患者（10.788±1.756vs.13.419±1.268,p<0.05）。经多因素分析,发现EpCAM+CTC和有门脉癌栓是肝细胞癌患者预后的独立因素（p<0.05）。[结论]CD90,EpCAM可以作为潜在的肝癌干细胞标记物,为循环肿瘤干细胞在HCC诊断、治疗和预后评价的临床应用提供科学依据。