【摘 要】
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目的:通过Arraystar circle RNA芯片技术在滑膜肉瘤（Synovial sarcoma,SS）中筛选差异环状RNA（circ RNAs）并在组织中初步验证其表达,进一步分析差异circ RNAs与SS临床病理信息的相关性,为SS的机制及临床诊治研究带来新思路。方法:通过Arraystar circle RNA芯片技术对9例SS组织进行基因微阵列分析,并初步筛选差异circ RNAs
【基金项目】
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国家自然科学基金（No.81860471）；
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目的:通过Arraystar circle RNA芯片技术在滑膜肉瘤（Synovial sarcoma,SS）中筛选差异环状RNA（circ RNAs）并在组织中初步验证其表达,进一步分析差异circ RNAs与SS临床病理信息的相关性,为SS的机制及临床诊治研究带来新思路。方法:通过Arraystar circle RNA芯片技术对9例SS组织进行基因微阵列分析,并初步筛选差异circ RNAs;运用Trizol法提取石蜡组织中的total RNA;利用生物信息学数据库对初步筛选出的差异circ RNAs进行生物信息学相关分析,应用Target Scan＆mi Randa数据库进行mi RNA靶点预测,构建ce RNA网络;应用Gene Ontology数据库进行GO富集分析和KEGG pathway相关分析等;运用q RT-PCR方法检测16例SS石蜡组织中验证差异circ RNAs;应用SPSS22.0进行数据及临床病理参数分析;使用软件Graph Pad Prism 7.0版、SPSS 22.0和Cytoscape 7.2绘图。结果:1.在SS和SS旁石蜡组织中初步筛选出数千个差异circ RNAs,四组样本比较取交集得到4个circ RNAs:hsa＿circ＿0051908、hsa＿circ＿0014352、hsa＿circ＿0047663、hsa＿circ＿0092349,生物信息学分析4个circ RNAs的靶基因主要与细胞运输、调控相关,信号通路主要与细胞凋亡有关。2.选取P＜0.05和Fold Change≥2.5的13个差异circ RNAs,包括8个上调的circ RNAs:hsa＿circ＿0000326、0026337、0047663、0028861、0014352、0000517、0000518和hsa＿circ RNA＿403874;5个下调的circ RNAs:hsa＿circ＿0018905、0034072、0059665、0007352和hsa＿circ RNA＿405538;生物信息学分析13个差异circ RNAs的靶基因主要富集在细胞运输、蛋白和跨膜转运体的连接,通路方面主要富集在细胞凋亡过程。3.13个circ RNAs筛选出的Hub基因中有7个基因（WAS、MAP2K1、RPL36、SCRIB、RPL28、CPSF6和GZMB）在软组织肉瘤中上调,3个基因（PRKCD、MUC1和CUX1）下调,WAS、CPSF6和MUC1的总生存期（Overall survival,OS）在软组织肉瘤中有统计学意义,WAS和MUC1与OS值正相关,CPSF6与OS值负相关;利用ce RNA网络分析对WAS、CPSF6和MUC1进行反向预测出的circ RNAs为:3个上调（hsa＿circ＿0047663、hsa＿circ＿0000518、hsa＿circ RNA＿403874）,1个下调（hsa＿circ＿0007352）。4.hsa＿circ＿0000326、hsa＿circ＿0047663、hsa＿circ＿0000517、hsa＿circ＿0000518用q RT-PCR实验进一步验证在实验组SS和对照组中均为上调（P＜0.05）,与芯片结果一致。5.Hsa＿circ＿0000518的高表达与SS不良预后、肿瘤转移和FNCLCC分级的III-IV级相关;hsa＿circ＿0000517的高表达与SS发生部位、肿瘤直径＜5cm和FNCLCC分级的III-IV级相关,hsa＿circ＿0047663的表达在男性高于女性。结论:（1）滑膜肉瘤组织中初步筛选出13个具有差异性circ RNAs,其中hsa＿circ＿0000326、hsa＿circ＿0047663、hsa＿circ＿0000517、hsa＿circ＿0000518在滑膜肉瘤组织中高表达;（2）hsa＿circ＿0000518与滑膜肉瘤患者的不良预后密切相关。
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