青霉素类药物在畜牧业中的大量使用必然会造成在动物性食品中的残留。本研究旨在制备阿莫西林的单链抗体(ScFv)及其突变体，为建立青霉素类药物的多残留免疫分析方法奠定基础。　　本研究从分泌抗阿莫西林单克隆抗体的杂交瘤细胞中提取总RNA，经反转录得到cDNA，并利用PCR技术扩增抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)基因片段。将两个基因片段以VL-Linker-VH的形式拼接成ScFv基因，将其插入表达载体，直接转入大肠杆菌BL21(DE3)中表达ScFv抗体。间接竞争ELISA检测表明，该ScFv抗体对阿莫西林等11种青霉素类药物的IC50为8.9-53.3 ng/mL，与其母源单克隆抗体的识别性能相似。然后，采用同源建模的方法利用YASARA软件构建了其同源模型的三维结构，应用分子对接软件AutoDock将该ScFv抗体与这11种药物分别进行了分子对接。结果表明，该ScFv抗体识别青霉素类药物的结合腔由轻链CDR1、CDR3和重链CDR1、CDR3构成，主要接触氨基酸有Asn31、Phe36、Arg100、Tyr160、Tyr226和Tyr228。之后，利用YASARA计算软件的虚拟突变功能，对限制该ScFv抗体与阿莫西林相互作用的接触氨基酸进行了虚拟突变。结果发现，将轻链CDR3区第95位丝氨酸突变为天冬氨酸和谷氨酸后，与配体的结合能显著降低。因此，利用突变试剂盒对第95位氨基酸进行了定向突变，获得两种ScFv突变体的基因，将其进行表达后与母源ScFv抗体进行比较。结果表明，两种ScFv突变体95D和95E对阿莫西林等11种药物的灵敏度大大提高，IC50分别为4.1-16.6ng/mL和3.5-15.0 ng/mL。二次分子对接的结果表明，主要接触氨基酸数量增加(Asn31、Phe36、Glu95、Arg100、Tyr160、Tyr179、Tyr226、Tyr227和Tyr228),且突变体-配体结合能均明显降低。　　综上所述，本研究基于基因工程和计算模拟的方法，确定了阿莫西林ScFv抗体的分子识别机制，并实现了对其进行的定向进化，为制备其他兽药的ScFv抗体、研究其分子识别机制及体外定向进化奠定了基础。