十八届三中全会确立了我国金融改革的大政方针,金融要素的全面放开是改革的大方向。金融脱媒化、利率市场化方兴未艾,这为商业银行的进一步发展带来了机遇,也带来了严峻的挑战。为了适应新的形势,提高商业银行的核心竞争力,商业银行需要通过完善公司治理来提高经营效率和管控风险的能力。内部审计作为商业银行的一种内部监督、评价和服务的机制,对商业银行提高经营效益、完善内部控制和公司治理发挥着不可替代的作用。在提高商业银行的公司治理水平和防范风险能力方面,内部审计将发挥越来越重要的作用。自1985年农业银行建立内部审计机构以来,农业银行已对其内审机构进行了4轮改革,现在初步建立了直属于董事会的相对独立的内审机构领导架构。但,近年来农总行副行长杨琨案、徐州农行票据案、农行邯郸市金库被盗案等系列重大案件的发生说明农业银行的内部审计仍存在着许多问题。本文通过综合利用委托代理理论、多种视角下的公司治理理论、内部人控制理论、商业银行内部审计理论等理论知识,在深入分析农业银行内部审计现状的基础上,指出农业银行的内部审计存在无法对高级经理层形成有效监督、对基层机构的审计监督不足、审计质量控制体系不完善、不适应金融产品不断创新的新形势、风险导向审计理念尚未真正落实、成果共享平台尚未建立、人力资源不足等问题,并对相关问题进行了成因分析,最后提出了几点改进农业银行内部审计的建议。五大国有商业银行在股份制改造的过程中都进行了内部审计架构的改革,其内部审计架构和内部审计水平基本是相同的。本文通过研究农业银行内部审计存在的问题,提出改善该行内部审计的一些举措,这对完善农业银行内部审计机制,提高农业银行内部审计水平有着现实的指导意义,也对其它国有商业银行完善内部审计机制,提高内部审计水平有着借鉴意义。