CPSF30-RNAi对再生稻表型的影响和调控机制的研究

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:miskiller
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
转基因作物在当今全球化的背景下被广泛的应用于实际生产中,它们在增加作物产量、病虫害防护、抗逆境等方面具有重要作用。转基因作物同时在突破狭窄的遗传基础的育种瓶颈具有重要的作用。随着现代分子生物学、基因组学的发展,从大量基因中选取最优基因通过遗传改造的方式获得优质的种质资源越来越普遍。水稻是中国最重要的粮食作物之一,如何获得高产、优质种质资源是科研工作者的目标。真核生物在转录过程中产生mRNA前体(pre-mRNA),它们必须经过5’端加帽、可变剪接和多聚腺苷化(polyadenylation,或poly(A))等加工过程才能成具有功能的成熟mRNA。多聚腺苷化是真核生物体内一个重要的过程,绝大多数蛋白质编码基因和长非编码基因都会进行3’末端的切割和多聚腺苷化,这一过程具有维持mRNA稳定、定位、防止mRNA被酶降解等重要生物学功能。多聚腺苷化加工过程中有一系列蛋白质因子参与其中,其中一个是CPSF30蛋白因子。根据前期工作结果,CPSF30基因不同表达量可能会改变植物再生性状。为测试此假说,本文拟用RNA干扰(RNA interference,或RNAi)的方法改变水稻CPSF30基因表达,探究其对水稻农艺性状的影响。我们采用农杆菌介导的方式构建再生稻品种日本晴(Nipponbare)的CPSF30-RNAi转基因再生稻。成功获得了 RNAi靶位点在5’-UTR(5’-untraslatedregion,后文简称RI-5UTR株系)、CDS(coding sequence,后文简称RI-CDS株系)两个RNAi株系和载体对照(vector control,后文简称RI-VC株系)转基因株系。成功获得转基因株系后,在实验室条件下种植转基因再生稻,观察并测定再生稻两茬的分蘖数、结实率、单株粒数和单株产量等产量农艺性状。然后,以转基因再生稻的再生芽为样品,提取总RNA后构建文库,采用3’末端高通量测序方法(PAT-seq)进行高通量测序。通过生物信息学的方法分析CPSF30-RNAi对再生稻的影响及其内在机制。本研究将多聚腺苷化与农作物增产的实际应用联系起来,并利用这一过程提高农作物产量,有助于为“两高一优”提供优异的种质资源,并为进一步的育种和推广奠定基础。主要结果如下:(1)在实验室条件下,RI-5UTR株系植株明显大于RI-CDS和RI-VC株系,并且有较为发达的根系。对转基因再生稻的两茬分蘖数、结实率、单株粒数和单株产量农艺性状进行测定。最终结果显示RNAi位点在5’-UTR时对再生稻的影响较大,在两茬分蘖数、第二茬的结实率、第二茬单株粒数和第二茬单株产量均显著高于RI-VC株系。RI-5UTR株系和RI-CDS的第二茬产量相对于RI-VC株系增加52.6%和41.2%。但在转基因再生稻在第一茬产量和单株粒数上,三个转基因株系间没有显著差异。(2)通过IGV进行差异基因的可视化和RT-qPCR分析,验证了 RNAi确实造成转基因再生稻CPSF30基因表达量的降低。RI-5UTR株系CPSF30表达量介于RI-VC和RI-CDS株系之间。结合表型RI-5UTR株系具有较大的植株,较高的分蘖数等优异农艺性状,说明了适当的CPSF30表达量可以促进再生稻的生长。由PAT-seq结果可知,CPSF30-RNAi会对再生稻的多聚腺苷化位点使用产生影响,并且干扰位点的不同造成了不同的poly(A)位点使用率。其中RI-5UTR相对于RI-CDS而言,对再生稻的poly(A)位点使用率的影响更大,即RNAi位点在5’-UTR时对再生稻poly(A)位点使用率影响更大,poly(A)位点在RI-5UTR中使用率更低。由此说明了 CPSF30基因表达量会影响再生稻的poly(A)位点使用。通过差异基因的GO富集分析可知,主要差异基因涉及生物死亡、生物调控、生物调节过程三个生物学过程的基因比例高于背景的基因比例。由此说明,CPSF30-RNAi转基因再生稻可能主要通过这三个方面的生物学过程参与调控再生稻的基因表达,进而影响再生稻的表型。并且将部分差异基因进行可视化,找到了相关的关键性基因Os WOX11和OsPHT3等为后续研究提供了依据。本实验通过将多聚腺苷化水平与农作物增产的实际应用联系起来,并利用这一过程来增加作物产量,提高农艺性状,有助于发现解决国内与国际粮食危机的新基因资源与途径。获得了较为高产的转基因株系(RI-5UTR),提供了较好的种质资源。基于相关理论基础的应用创新,通过调控CPSF30基因表达量,就有可能对多个基因的表达产生控制作用,达到“一因多效”之功。探究多聚腺苷化过程在调控农作物再生过程中的内在分子机制,特别是多聚腺苷化关键因子CPSF30因子的研究。
其他文献
肺癌是最为常见的恶性肿瘤之一,近年来肺癌的发病率和死亡率均居全世界癌症之首。肺癌患者的早期症状不明显,诊断相对困难。多数肺癌患者发现时已是晚期,而肺癌晚期患者容易发生骨转移。研究表明,肿瘤骨转移与骨微环境有密切的关系,骨骼中富含生长因子的环境有助于原发性肿瘤细胞向骨或骨髓迁移,为肿瘤细胞生存和生长提供了独特的微环境。在骨组织的细胞中,成骨细胞被证明是重要的肿瘤骨转移的参与者,其分泌的许多特异性蛋白
学位
大气颗粒物通过不同方式对环境产生影响,例如直接影响地球太阳辐射的收支;作为云凝结核和冰核参与大气中云的形成,从而影响云的寿命和改变云的辐射特性等。海洋是全球大气颗粒物的第二大来源,研究海洋大气颗粒物的理化特征和冰核特性有助于全面认识颗粒物在海洋大气的作用和影响。本研究以南海为研究区域,测量南海大气颗粒物作为冰核形成冰晶的温湿度条件;在单颗粒水平上表征南海大气颗粒物的理化特征;探讨南海大气冰核的理化
学位
农药在保障粮食等作物产量和质量方面发挥着重要作用。目前我国批准使用的农药多达400种以上,2016年我国农药产量320.97万吨,使用量178.3万吨,约占全球农药使用量的一半。农药在使用后可以通过挥发、沉降和冲刷等过程进入大气、水体和土壤,威胁着农产品安全、饮用水安全和生态环境健康。沉积物和土壤既是农药的汇,又是水环境的输入源。土壤中的农药污染会改变土壤理化性质、影响土壤生物活性、破坏土壤生态平
学位
装配质量对产品NVH性能有重要影响。在批量生产中,由于人工操作造成的装配质量不一致性,导致产品质量与性能参差不齐,给企业带来经济和信誉上的损失。为避免此类问题,需要正确地判断装配质量以及及时地预测装配参数,以达到进行预测性维护和正确调整装配的效果。因此本文针对客车带传动的装配问题,开展了装配一致性对NVH影响的探索性研究,主要研究内容为:(1)开展了单根直连皮带动力学模型理论分析,验证了弦理论固有
学位
流感是由流感病毒(Influenzavirus)引起的急性呼吸道感染病,每年季节性流感流行都给全球造成严重的疾病负担。流感病毒的基因组特征和宿主多样性,导致自然界的流感病毒型别众多且高度变异,给流感疫情防控和流感患者诊治带来许多挑战,尤其是流感病毒感染导致的重症肺炎和多病原体共感染现象不容忽视。因此,建立一套可高效、精准检测流感病毒的方法对流感患者临床救治和流感疫情防控均具有重要意义。近年来,随着
学位
随着各种智能设备融入人们的日常生活,人们对探测器的要求也越来越高。普通光电探测器的探测情况受光强限制严重,不能探测到微弱的光子信息,为了解决这一问题,盖革模式的雪崩二极管被纳入研究,并开拓了单光子探测领域。单光子探测在医疗检测、国防军事和大众娱乐上得到了广泛的应用,然而现有的单光子探测芯片面临集成度较低、体积较大等的问题。本文在此背景下提出在标准BCD工艺下设计单光子探测器及相应的集成电路,可实现
学位
河口是全球环境变化影响的敏感地区,也是海-陆相互作用的活跃区域,河口沉积物中物质迁移和释放等地球化学过程具有独特的复杂性,其中磷的地球化学行为关系着河口地区的污染问题。研究磷的地球化学行为,尤其是从“源”到“汇”摸清楚磷的迁移转化行为,并且从多层次多角度了解磷与其它元素的耦合关系,可以为控制水体磷的外源输入、内源释放,以及治理水体磷污染提供理论支持。近年来,随着河口区的外源磷输入得到有效的控制,沉
学位
近年来,水产养殖尾水污染日益严重,是继生活污染、工业污染之后,我国水资源污染的第三大污染来源。集约化养殖,特别是工厂化模式养殖、高密度育苗的废水大量直接排放,带来了局部海域的富营养化等严重环境污染问题。如何开展养殖尾水治理和资源化利用,是实现水产养殖业可持续绿色健康发展的关键所在。本文介绍了一种鱼虾贝类耦合养殖模式,分析了该模式池塘中的浮游植物群落,从中筛选分离了一株本地优势种梅尼小环藻;继而探讨
学位
原发性肝癌是全球第四大常见的癌症死亡病因,每年约有80万人死于肝癌。手术切除、肝移植、肝动脉化疗栓塞术(TACE)和射频消融等手段对部分早期肝癌患者的效果较好,但整体的治疗效果仍十分有限。肝癌的发生和发展是一个多步骤的过程,目前对肝癌发生发展的确切分子机制仍知之甚少。乙肝病毒(HBV)感染是我国肝癌发病最主要的危险因素,其表达产物HBx在肝癌的发生发展中起着关键的作用。HBx具有反式激活的功能,能
学位
血管组织支架在伤口修复、血管组织再生等领域具有巨大的应用潜力和市场前景。熔融电纺直写具有结构尺寸小、比表面积大、孔隙率高、无毒性、成型精度高、生物材料兼容性好的特点,是血管组织支架制备的一种良好技术手段。本文基于熔融电纺直写开发了多层次、多材料血管组织支架成型平台,实现了表面形貌、孔隙率、机械强度和生物亲和性的有效调控。搭建了包括两个喷头、四个运动轴控制平台的熔融电纺直写平台,编写纤维形貌调控的上
学位