黄连的常年种植和化肥的大量施用导致土壤质量下降,土壤微生态环境遭到破坏,严重影响到黄连的正常生长发育和产量品质。近年来,有机肥替代部分化肥在改善农田土壤环境方面研究越来越多,但都集中在粮食作物,在中药材种植中开展的系统研究较少,特别是在黄连的种植中。因此,有机肥和化肥配施在改善黄连种植土壤环境,实现黄连产业的可持续发展中有重要意义。本试验以黄连（Coptis chinensis Franch）为研究对象,探究不同量有机肥替代化肥处理下,黄连株高、生物量积累及不同部位中总生物碱、黄连碱、表小檗碱、小檗碱、巴马汀、黄连根际土壤养分含量、细菌和真菌多样性及群落组成、功能菌丰度的变化情况,探明有机肥替代化肥在改善土壤养分状况和微生态环境,以及对于黄连品质指标的影响,为湖北黄连种植过程中的科学、合理施肥提供理论与技术参考。本试验主要结果如下:1.有机肥替代化肥处理对黄连株高无显著影响,但显著增加黄连地下部干重,提高黄连根冠比,在2种有机肥替代40%化肥处理下,黄连地下部干重最大。黄连不同器官尤其是根茎中总生物碱和4种主要生物碱含量在有机肥替代20%-40%化肥处理下最高,其中微生物菌肥处理的效果更优。2.有机肥替减化肥处理可改善黄连根际土壤养分状况。各处理中,土壤养分含量以微生物菌肥替代20%化肥处理的最高,有机质含量随有机肥施入量的增加而增加,普通商品有机肥可显著提高土壤p H,缓解种植黄连导致的土壤酸化问题。从整体效果来看,微生物菌肥替代20%化肥时更利于改善土壤养分状况。3.与常规施肥处理（CF）相比,有机肥的施入对黄连根际土壤中细菌群落的多样性和丰富度无显著影响,但显著增加了优势菌门Proteobacteria（变形菌门）和Actinobacteriota（放线菌门）的丰度;有机肥的施入显著影响了C、N功能菌的相对丰度,在替代率为20%-40%时,各功能菌相对丰度提升效果最大。4.与常规施肥处理相比,有机肥替减化肥处理显著降低真菌群落的多样性和丰富度,与不施肥的CK和单施化肥的CF处理相比,有机肥的施入显著改变真菌群落组成,增加特有物种数目;有机肥替减化肥处理增加真菌优势菌门Ascomycota（子囊菌门）和Basidiomycota（担子菌门）的相对丰度;普通商品有机肥对土壤有益真菌Preussia和Penicillium丰度提升效果更佳。真菌功能预测结果表明,微生物菌肥处理显著降低黄连根际土壤中动物病原菌丰度,2种有机肥的施入均增加腐生菌和共生菌丰度,有利于土壤生态系统健康状态的改善。