近年来,跨行政区环境污染问题层出不穷,生态文明遭到严重威胁。在京津冀、长三角、汾渭平原等地区,跨行政区环境污染日益明显,为应对我国环境污染的区域性特点,协调解决跨行政区环境污染问题,一些地方政府开始走上区域协同治理之路,极大地推动了我国跨行政区生态环境协同治理的进程。当前我国跨行政区生态环境协同治理虽有一定进展但绩效表现不佳,如何实现协同治理绩效的有效提升,是推动我国跨行政区生态环境协同治理实现纵深突破的关键所在。本文首先对跨行政区生态环境协同治理困境的外在表征和内部机理进行层层剖析,发现协同治理困境产生的根源在于横向利益矛盾。这些横向利益矛盾是如何展开并导致协同治理困境的,这就需要对协同治理过程进行分析和探讨。基于整体性治理理论、协同论等相关理论以及程序化扎根理论的质性研究方法,构建出跨行政区生态环境协同治理系统。跨行政区生态环境协同治理系统的运行效果如何是判断协同治理绩效水平的重要标准,且运行效果主要取决于各个子系统的协同程度。对此,运用复合系统协同度模型对治理系统的协同程度进行评价,同时测算出跨行政区生态环境协同治理绩效,在此基础上,通过面板数据回归分析的研究方法定量分析和论证治理系统协同度与治理绩效二者间的关系,从而构建出解释协同治理系统与治理绩效间关系的跨行政区生态环境协同治理绩效生成机制。在此基础上,运用相关分析法,对跨行政区生态环境协同治理绩效生成机制及其内在因素与治理绩效间的关系进行相关性检验。研究结果发现,驱动力机制中的政府态度、协同互动机制中的协同行动、考核激励机制中的奖励激励、监督改进机制中的督察整改与治理绩效具有显著相关关系,这也是影响跨行政区生态环境协同治理绩效的四个关键因素。针对关键影响因素进行绩效提升的路径设计,并进一步提出精准政策理念和定位,转变政府政策观念;注重协同执行的良性互动,提升政策执行效力;加大协同治理激励力度,强化政府合作意愿;加强政策改进事后监督,保障政策改进长效运行等绩效提升路径的政策建议。