近年来，随着知识产权侵权案件的日益增多，怎样更好地确定侵权损害赔偿的数额成为摆在法官面前最主要的难题。为厘清知识产权侵权损害赔偿基本法理，使裁判更具正当性和合理性，本文按照司法实践中对知识产权侵权损害赔偿案件审判的基本进路，从整体的角度，分析每个环节影响侵权损害赔偿额确定的可能因素和难点，抽丝剥茧，逐步推进，最终得出与案情相适应的赔偿数额，使权利人得到妥善的金钱救济，从而达到保护权利、鼓励创新之目的。第一部分是知识产权侵权行为的判定。知识产权侵权损害赔偿研究的目的是确定合法、合理的损害赔偿数额以期对权利人更好地救济，而这一切的起点就在于对侵权行为的准确判定。笔者通过分析指出，侵权行为的本质在于对民事权利或者民事权益的损害，解答了什么是侵权行为。在此基础上，通过对物权请求权的分析，从而将知识产权请求权概念引入知识产权侵权损害赔偿制度，从新的角度加深了对侵权行为概念的认识和理解。当然，通过对知识产权侵权行为的准确定义具有很强的现实意义。对侵权行为数量的判断问题在传统民事侵权领域并不像在知识产权侵权领域这么突出。尤其是，同一侵权人针对同一权利人享有的著作权、专利、商标等知识产权的侵害，笔者从不同时间、地点、载体等差异造成知识产权侵权案件处理可能的冲突出发，从基本法理、实体法规定以及比较法之角度，断定将同一侵权人针对同一权利人享有的著作权、专利、商标等知识产权的侵权行为不因实施时间、地域和载体之差异而视为不同的侵权行为，而应视为同一侵权行为，从而解决了应当是几个诉讼和几个赔偿的问题。第二部分是关于知识产权侵权损害赔偿归责原则及构成要件的讨论。笔者从分析对知识产权侵权损害赔偿归责原则的常见误区开始，从外国法、国际公约、国内法等方面全面论证了采纳过错责任原则的合理性，赞成损害、过错与因果关系作为知识产权侵权损害赔偿的三要件，分析知识产权侵权损害的本质和特殊性，认识到确定知识产权受到的损害程度和范围上存在巨大的难度。对过错的认识采取主观说和客观说相结合的折衷说。侵权人的主观心理状态恶性的程度，也直接影响到法定赔偿时对侵权人制裁的力度，并不是可有可无。对侵权人的过错程度和过错形式的判断在知识产权侵权损害赔偿之诉中十分重要。但是，判断知识产权侵权人有无过错、过错程度和形式并不容易。因果关系是一座桥梁，将行为和损害连接起来。实践中多不重视。该现象是导致知识产权侵权损害赔偿数额较难确定的原因之一。笔者通过分析，认同相当因果说，并分析其在确定损害赔偿数额方面的重要作用。第三部分是知识产权侵权损害赔偿规则的适用。从实体法和司法实务的角度，笔者认为我国知识产权侵权损害赔偿的规则只能是完全赔偿规则和法定裁量规则。在知识产权侵权损害赔偿的司法实践中，人们并没有正确认识到完全赔偿规则和法定裁量规则之间的关系。完全赔偿规则是知识产权侵权损害赔偿之目的规则，而法定裁量规则是知识产权侵权损害赔偿的方法规则。离开目的规则，方法规则将成无本之木，无根之水，而离开方法规则，目的规则也注定无法实现。目前的司法实践中，法官普遍既缺乏对目的规则的重视，更存在对方法规则的研究。由于大陆法系将损害赔偿的功能定位于填平损失，惩罚性赔偿几乎没有发展。我国商标法已经采纳了惩罚性规则。笔者以此为依据，分析了惩罚性规则在商标侵权损害赔偿的具体适用时应该满足的要件。并将其与美国相关制度进行了比较，得出赔偿计算基础存在差异的观点。第四部分是知识产权侵权损害赔偿的确定。从常见的几种损害赔偿数额的确定方法的适用方式、适用顺序开始介绍，接下来详细介绍了权利人的损失、侵权人的获利以及许可使用费合理倍数具体适用过程中的难点、热点和需要注意的问题，在介绍法定赔偿时重点分析了法定赔偿额的幅度提高后可能存在的问题以及专利是否可以突破最低赔偿额的问题。最后，从立法、司法、技术、主体等角度提出合理确定知识产权侵权损害赔偿额的建议。