阿拉善马鹿与贺兰山岩羊均为我国Ⅱ级重点保护野生动物。本次实验在圈养的条件下,控制食物、健康个体、性别、年龄等因素,通过16S r RNA高通量测序技术对圈养阿拉善马鹿与贺兰山岩羊肠道菌群多样性与结构进行分析。肠道菌群对生物体的营养吸收、食物消化、免疫反应、疾病预防等多个方面均具有十分重要的意义,本研究通过对圈养个体采样分析,为探讨两种目标动物在野外的共存机制提供理论依据,也为完善圈养体系构建基础。研究结果如下:（1）所有样品共注释到25个门,48个纲,71个目,147个科和271个属。圈养阿拉善马鹿与贺兰山岩羊共有OTU 2 039个,圈养阿拉善马鹿组独有OTU 145个,圈养岩羊组独有OTU 119个。（2）在圈养年龄组间,阿拉善马鹿和贺兰山岩羊在门分类水平上物种丰富度前五中均含有厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）,且均为厚壁菌门丰度成体组大于亚成体组。性别组中,圈养阿拉善马鹿各组雌雄样本中丰度最高的两个门为厚壁菌门和拟杆菌门总和占比均达到80%以上,丰度最高的两个目为厚壁菌门下的梭菌目（Clostridiales）和拟杆菌门下的拟杆菌目（Bacteroidales）。物种组中,岩羊与马鹿的雄性组中在门分类水平上,厚壁菌门和拟杆菌门总和占比达80%以上,其中阿拉善马鹿在浮霉菌门（Planctomycetes）存在显著差异（P＜0.05）;阿拉善马鹿与贺兰山岩羊的雌性组中在门分类水平上,厚壁菌门和拟杆菌门占比达80%以上,贺兰山岩羊在疣微菌门存在显著差异（P＜0.05）。（3）比较不同年龄组间肠道菌群Alpha多样性发现,圈养阿拉善马鹿各组Chao1与ACE指数丰度均不显著（P＞0.05）,岩羊各组之间Chao1与ACE指数丰度均显著（P＜0.05）,且均为成体大于亚成体。比较不同性别组间肠道菌群多样性发现,圈养阿拉善马鹿各组Shannon和Chao1指数均为雌性大于雄性,Simpson指数为雄性大于雌性,但差异均不显著;岩羊亚成体雌雄组中Chao1和ACE指数均为雌性大于雄性,且差异显著（P＜0.05）;在Beta分析中。比较不同物种组间肠道菌群多样性发现,圈养阿拉善马鹿与贺兰山岩羊在雄性中,仅有ACE指数具有显著差异（P＜0.05）;在雌性组中ACE和Chao1指数均具有显著差异（P＜0.05）;群落丰富度均为岩羊大于马鹿。（4）门分类水平下在STAMP分析中,物种组雄性成体阿拉善马鹿的浮霉菌门存在显著差异（P＜0.05）;雌性成体阿拉善马鹿与贺兰山岩羊组中,贺兰山岩羊在疣微菌门、Candidatus＿Saccharibacteria存在显著差异（P＜0.05）;性别组中成体马鹿样品中仅有雌性组Candidatus Saccaribacteria存在显著差异（P＜0.05）;亚成体马鹿样品中雄性组绿弯菌门（Chloroflexi）和脱铁杆菌门（Deferribacteres）存在显著差异（P＜0.05）。贺兰山岩羊在雌性组中绿弯菌门存在显著差异（P＜0.05）;亚成体组中不同性别中放线菌门（Actinobacteria）、纤维杆菌门（Fibrobacteres）,在雄性中表现出显著差异;糖化细菌门Candidatus＿Saccharibacteria、Candidate＿Division＿WPS-2、unclassified＿Bacteria,在雌性中表现出显著差异;