荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al.)引起的霜疫病是荔枝上的重要病害之一,在广东、广西、福建、四川、云南和海南等省份的荔枝主产区为害较重。本研究目的在于构建荔枝霜疫霉泛基因组,通过采自不同病区的菌株进行基因组学和比较基因组学分析,获得不同来源菌株的致病力差异和基因组变异之间的关系。为此我们以采自荔枝霜疫病发生严重的福建、四川和云南的4个菌株(编号FJ8、FJ11、SC1和YN1)为材料,表型分析显示菌株YN1的致病力较弱且产生游动孢子囊数量较少。我们采用Illumina二代测序平台对4个地理型菌株进行全基因组重测序,使用CLC workbench拼接至contigs水平,通过CEGMA和BUSCO对组装结果进行验证,采用从头预测结合转录组数据进行基因结构注释,并对5个菌株(FJ8、FJ11、SC1、YN1和SHS3)基因组构建基于基因识别的泛基因组,生物信息学分析表明核心基因有7 935个,附属基因有1 649个,效应分子更多集中于附属基因内。同时,我们还对这5个菌株基因组的SNP位点、InDels、SV和CNV进行比对统计,利用全基因组SNP位点构建了5个菌株的系统发育树,其中SNP位点对附属基因氨基酸突变的影响正在深入研究中。预期结果可以帮助我们了解荔枝霜疫霉的基因组变异特点和菌株YN1致病力下降的可能因素。