研究介绍了用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记的方法，它可以避免基因组文库的构建和筛选这一繁重的工作，既节省时间又节约费用。利用少量的内切酶组合建立一系列AFLP DNA，然后用生物素标记的简单重复序列(SSR)作探针与其杂交，杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上，经过一系列洗涤过程，含有SSR的AFLP片段被吸附到磁珠表面。这些片段经洗脱下来后，先用对应的AFLP引物扩增，再进行克隆和测序，根据SSR两端的保守序列设计引物，经过多态性分析后，便可得到微卫星DNA标记。我们用这种方法已成功的从6个中国地方品种鹅中分离到51个微卫星DNA标记，其中有31对微卫星引物表现为多态性好，特异性强且相互之间并不连锁。各品种平均多态信息含量(PIC)在0.394～0.448之间。说明这31个微卫星均为中度多态，可作为有效的遗传标记用于鹅品种间遗传多样性和系统发生关系的分析，并为建立鹅遗传图谱、重要经济性状的基因定位及标记辅助选择奠定基础。整个实验过程操作简单、消耗少，可在两周内完成，可作为从动物中分离SSR的一种简单有效的方法。