【摘 要】
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目的运用生物信息学技术筛选肝癌和癌旁组织关键凝血差异表达基因,并进行生存分析,辅助临床对肝癌患者进行早期诊断和预后判断。方法对癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中50对肝癌和癌旁组织和94个凝血相关基因利用R软件的DESeq2包进行差异表达分析;TCGA中包含随访信息(总生存期和无复发生存期以及生存状态)和基因表达谱的381例样本进行单因素Kaplan-
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目的运用生物信息学技术筛选肝癌和癌旁组织关键凝血差异表达基因,并进行生存分析,辅助临床对肝癌患者进行早期诊断和预后判断。方法对癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中50对肝癌和癌旁组织和94个凝血相关基因利用R软件的DESeq2包进行差异表达分析;TCGA中包含随访信息(总生存期和无复发生存期以及生存状态)和基因表达谱的381例样本进行单因素Kaplan-Meier生存分析;对包含完整临床信息的358例样本进行多因素Cox回归并根据结果对患者进行分组;基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)用于确定高低风险组之间潜在富集的信号通路。两个独立的肝癌数据集用于验证高、低风险组结果。针对富集通路相关蛋白E-cadherin、Vimentin、Cyclin D1进行肝癌组织免疫组化分析表达验证;利用Spearman分析对ITGA2、GP6和CDH1、VIM、CCND1基因表达进行相关性研究。结果1对肝癌和癌旁样本分析,筛选出28个凝血相关差异表达基因。2进一步生存分析表明,ITGA2和GP6共同影响患者总和无进展生存期。3 GSEA结果显示,高风险组能显著富集到上皮间质转化(Epithelial to Mesenchymal Transition,EMT)相关的信号通路,进一步差异分析表明,EMT激活因子在高风险组表达上调,EMT抑制因子在高风险组中的表达下调。4 EMT通路相关蛋白E-cadherin、Vimentin、Cyclin D1在肝癌和癌旁组织中表达差异具有统计学意义。5 ITGA2表达和CDH1表达无关,和VIM、CCND1表达正相关;GP6表达和CDH1、VIM、CCND1表达均为正相关。结论凝血相关基因ITGA2和GP6的表达对肝癌患者的预后有影响,可能与EMT相关通路的激活有关。图 10 幅;表 3 个;参 152 篇。
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