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目的:研究2015、2016年内蒙古自治区妇幼保健院5岁以下儿童病毒性腹泻的分子流行病学。通过分析实验室检测结果和流行病学资料，研究导致住院儿童病毒性腹泻病原的优势基因型，为疫苗研发及病毒性腹泻的防治提供科学依据。 方法:采集2015年1月～2016年12月内蒙古自治区妇幼保健院≤59月龄的住院腹泻患儿的粪便样本636份，并收集患儿流行病学调查问卷。采用ELISA方法对所有标本进行人轮状病毒(HRV)检测，其中阳性样本用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法进行基因型和血清型分型。选取检测出的人轮状病毒G1、G2、G3、G4、G9阳性样本进行测序，并分析测序结果。采用RT-PCR法、PCR法对所有样本进行诺如病毒（NV）、星状病毒（AstV）和肠道腺病毒(AdV)检测。运用Epidata3.1软件进行数据的录入，使用DNAMAN、MEGA6.0生物分析软件进行序列分析。 结果:636份样本中，检出阳性样本349份，阳性率为54.87%（349/636）。四种病毒阳性率由高到低依次为HRV（32.55%，207/636）、NV（14.31%，91/636）、AstV(9.43%，60/636)、AdV(7.07%，45/636)。HRV血清型以G9为主，占HRV阳性样本83.57%（173/207）；基因型以P[8]为主，占HRV阳性样本87.44%（181/207）。HRV血清型与基因型的组合中，G9P[8]（73.53%，150/204）最多。NV阳性样本91份，其中GI型17份（18.68%，17/91），GII型74份（81.32%，74/91）。检出2种或2种以上病毒阳性样本52份，其中检出HRV＋NV21份(40.38%，21/52)；检出HRV＋AstV15份（28.85%，15/52）；检出AstV＋NV6份（11.54%，6/52）；检出HRV＋AdV6份（11.54%，6/52）；检出NV＋AdV2份(3.85%，2/52)；检出HRV＋NV＋AstV2份(3.85%，2/52)。该院HRV引起的腹泻患儿在秋、冬季较多，主要感染0～17月龄的婴幼儿；NV引起的腹泻患儿在秋、冬季较多，主要感染0～12月龄的婴幼儿；AstV引起的腹泻患儿主要感染0～29月龄的婴幼儿；AdV引起的腹泻全年散发，主要感染12～29月龄的幼儿。 结论:本研究对2015年1月～2016年12月内蒙古自治区妇幼保健院5岁以下腹泻患儿粪便样本进行HRV、NV、AstV和AdV检测，发现HRV为最主要病原，且G9P[8]型为优势型；NV、AstV和AdV也是重要的病原。