随着国家政经济体制改革的深入推进,国家各职能部门都陆续迎来重大改革,科学事业单位作为事业单位的一个分支,也必然迎来重大变革,中国科学院作为国家科研机构的火车头,也在积极响应国家号召,并已经在2000年按照国家相关部门的批复完成了 13家研究所企业化改革,然而改革并没有停止,中科院现有的具有改革条件的研究所仍在不断的提炼自己的科研成果,寻求企业化改革路径。特别是在2011年,我国出台了《分类推进事业单位改革实施指导意见》以后,科学事业单位改革正行驶在高速公路上。而企业化改革过程中,机构性质改变必然需要对其会计核算体系进行重新构建,设计并完善会计核算体系是企业化改革面临的重要问题。论文在研究中采取了将理论与实践相结合,将规范分析与案例分析相结合的基本研究方法。本文的研究首先以事业单位的界定、分类和特征角度作为出发点,结合企业会计核算体系的基本理论,将事业单位的会计核算体系与企业会计核算体系进行比较分析,明确科学事业单位企业化改革的必要性,提出了科学事业单位的会计核算体系向企业化会计核算体系改革势在必行。本文以中科院ST科研所会计核算体系作为案例,按照事业单位的分类标准,结合中科院ST科研所组织结构和主要职能的分析,从社会功能角度将中科院ST科研所划分为从事经营活动为主的科学事业单位。然后深入分析中科院ST科研所现行会计科目体系和会计报表体系,研究了中科院ST科研所现行会计核算体系存在弊端,包括现有会计核算基础不满足企业化改革的需求,固定资产、无形资产和在建工程未计提减值损失,固定资产折旧的计算方法不合理,科研项目收入和支出核算不准确等方面的问题。最后,本文提出了中科院ST科研所企业化改革后会计核算体系重新构建的思路,包括核算基础的确定、核算科目体系的建立、报表体系建立和改进资产价值转移方法。改进资产价值转移方法包括调整固定资产折旧计算方法、折旧年限和净残值,改进无形资产的摊销方法,计提固定资产减值损失、无形资产减值损失和在建工程减值损失,完善科研项目收入与支出核算等四个方面的内容。本文通过上述研究希望能为会计核算体系与经营性科学事业单位改革实现同步发展提供借鉴。