目的：观察瘘管切开近段基底缝合、远段全层缝合内口引流术与肛瘘切开引流术治疗慢性炎症期低位肛瘘的手术、术后并发症以及疗效情况,评价两种术式的疗效差别。方法：制定符合本研究的纳入排除标准,收集成都中医药大学附属医院肛肠科2013年1月至2014年7月符合条件的住院病人60例,随机分成试验组与对照组,各30例。试验组应用肛瘘瘘管切开近段基底缝合、远段全层缝合内口引流术,对照组采用肛瘘切开引流术。观察两组患者手术操作情况、术后疼痛情况、术后出血情况、手术创面大小、术后合并症、创面愈合情况、术后肛门功能及术后半年随访复发情况等方面的差异。应用统计学软件SPSS19.0对结果进行分析,以α=0.05为水准进行双侧检验。结果：两组患者在治愈率方面无统计学差异(P>0.05),而在术后继发出血情况、创面愈合时间、术后瘢痕面积大小等方面明显优于对照组,存在显著性差异(P<0.05)；手术时间对照组短于观察组(P<0.05)：而在术后疼痛、切口水肿、肛门功能及随访半年复发情况等方面两组无显著性差异(P>0.05)。结论：应用瘘管切开近段基底缝合、远段全层缝合内口引流术治疗低位肛瘘,安全可行,可以有效治疗肛瘘,手术方式相对简单易于掌握,可操作性强,有效的缩短了切口愈合时间,手术瘢痕小,能更好的保护肛门形态与功能,是治疗慢性炎症期低位肛瘘的一种良好的术式。