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本试验采用Sanger双脱氧链终止法测定了我国饲养的5个水牛品种(类群)22个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列，分析结果表明： 我国5个水牛品种(类群)22个个体中检测到5种长度变异类型，分别为：927bp、928 bp、929 bp、930 bp和931 bp，平均长度929.8 bp。T+A含量为58.6％，C+G含量为41.4％；共检测到70个变异位点，约占总分析位点的7.4％，其中单一信息位点9个(1％)，简约信息位点43个(4.6％)，缺失/插入18个(1.9％)。变异位点上存在转换、颠换、缺失/插入和转换与颠换共存五种变异类型，其中转换55次，颠换4次，缺失/插入2次，分别占总变异位点的90.2％、6.6％和3.3％；22个个体中共发现17种单倍型，没有一种单倍型是所有品种所共有的，其中单倍型H7出现的次数最多(4次)，被德昌水牛和涪陵水牛所共有，另外有13种单倍型为相应品种(类群)所特有；5个水牛品种(类群)内平均单倍型多样度0.965±0.028，品种(类群)内平均核苷酸差异数为15.238，核苷酸多样度为1.651％。5个品种(类群)间核苷酸分歧度变化范围为0.638％—2.042％，其中云南水牛与涪陵水牛的核苷酸分歧度最小(0.638％)，安徽水牛与德昌水牛的核苷酸分歧度最大(2.042％)；品种(类群)间核苷酸净遗传距离范围为—0.580％—0．683％，平均核苷酸净遗传距离为—0.160％—0.528％，其中云南水牛与其它4个品种的平均核苷酸净遗传距离最大。品种(类群)间的Kimura双参数距离范围变异不大(0.006434—0.021146)，其中安徽水牛与德昌水牛的Kimura双参数距离最大(0.021146)，涪陵水牛与云南水牛的Kimura双参数距离最小(0.006434)其它各品种间的距离值都在0.013683—0.020414之间，差异较小。17种单倍型间的Jukes—Cantor距离变异范围为0.00108—0.04234，其中H9与H12的遗传距离最大(0.04234)，H16与H17的遗传距离最小(0.00108)，其它各单倍型间的遗传距离差异不大。表明我国饲养的水牛具有较丰富的遗传多样性。 应用本次试验所测定的水牛单倍型，并结合GenBank中相关序列的单倍型，采用Paup4.0和Mega2.1软件构建D-环全序列单倍型MP树和NJ树。MP树和NJ树都分成3大支，第一支为普通牛，第二支为江河型水牛，第三支包括我国沼泽型水牛和另一种沼泽型水牛(Carabaos)，在沼泽型水牛分支下又明显得分为两类，其中H14、H16、H15和H17被聚为Ⅰ类，而H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13以及三个Carabaos个体聚为Ⅱ类。而在Ⅱ类下，MP树与NJ树的拓扑结构存在差异，在MP树下H11与H12被聚为一支，其分支统计置信度为100％，