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本研究采集了来自淡水渔业研究中心的尼罗罗非鱼埃及品系(简称AN,采样22)、88品系(简称XN,采样26尾)和奥利亚罗非鱼(简称ALY,采样28尾),与来自广西水产所的尼罗罗非鱼埃及品系(简称GN,采样28尾)、美国品系(简称MN,采样26尾)和奥利亚罗非鱼(简称GA,采样29尾)共159个样品的血样,采用酚／氯仿法提取基因组DNA,利用PCR技术扩增了6个罗非鱼群体的rntDNA D-loop区部分序列并对其进行测序。然后用ClustalW, BioEdit, DNAStar软件包的EditSeq对这159个个体的线粒体DNA D-loop区部分序列进行编辑、比对,采用MEGA3.1软件输入变异位点,计算遗传距离并构建NJ、UPGMA树,使用软件DnaSP3.14统计核苷酸多态性、单倍型和基因流等。实验取得如下结果：1.罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列长度为575-581bp,检测到111个多态位点,占全序列的19.2%,存在47个是单一多态位点,57个为简约信息位点,未发现三碱基的单一多态位点。核苷酸位点突变类型有四种,即转换、颠换、插入、缺失。在104个碱基替换中转换为80个,颠换为24个,转换与颠换的比(TS/TV)为3.3。有4个插入或缺失(位点：234,253,360,419),1个插入(380位)和2个缺失(33位、162位)。碱基替换与插入或缺失的比为14.9。碱基替换以转换为主(T(?)C/A(?)G)。2.罗非鱼159个个体mtDNA D-loop区序列中,A、G、T、C四种核苷酸的平均比例分别为28.8%、15.4%、35.4%、20.4%,A+T含量64.2%,G+C含量35.8%,A+T含量明显高于G+C含量,说明罗非鱼线粒体D-loop富含A+T,表现出较强的碱基偏倚性。对照其他已报道的鱼类控制区结构,成功识别了罗非鱼IntDNA D-loop区的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3).3.对159条mtDNA D-loop的序列进行同源性比对,结果发现52种单倍型,AN群体有12个单倍型,GN群体有12个单倍型,XN群体有10个单倍型,MN群体有11个单倍型,ALY群体存在9个单倍型,GA群体有10个单倍型,其中六个群体共享一个单倍型；AN、GN和MN三个群体共享一个单倍型,XN、MN和GN共享一个单倍型；AN和XN两个群体共享一个单倍型,AN和GN共享一个单倍型,MN和GN共享一个单倍型,其他为各个群体独享。说明罗非鱼mtDNA具有一定的多态性。4.根据群体间的基因流以及遗传距离分析,除AN与GN、ALY与GA之外,其他各群体间均出现了遗传分化。从遗传距离来看,AN和ALY的D值最大,MN与ALY的距离最小,可见AN与ALY杂交后代有较高的杂种优势,具有进一步选育的基础。5。根据遗传多样性参数核苷酸多态性(Pi)来看,尼罗罗非鱼群体的Pi值比奥利亚罗非鱼的值要大。构建的NJ树大致分为2支,6个群体中ALY、GA聚在一起,而AN、GN、XN和MN混杂。可知本试验研究的尼罗罗非鱼遗传多样性较高,而奥利亚罗非鱼的纯度较高且遗传性状稳定。