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本研究以烟台、蓬莱、威海、大连4个地理种群及养殖和自然群体的仿刺参(又称刺参)为研究对象，采用RAPD和SSR两种分子标记对四个群体的遗传结构进行了研究。分析了刺参养殖群体和自然群体之间的遗传变异，以及四群体之间的遗传分化。主要结果如下：
1.用经过筛选的9个微卫星座位对刺参养殖群体和自然群体进行扩增，每个座位检测到的等位基因数为4～12个。自然和养殖群体中，有效等位基因平均数分别为6.5556和5.8889，期望杂合度的平均值分别为0.7641和0.6941，观测杂合度的平均值分别为0.6416和0.5635。根据群体中各座位等位基因频率计算出两群体间的遗传相似度为0.7970、遗传距离为0.2269。对两群体进行Hardy-Weinberg平衡检验发现，自然群体在位点Psj1828、Psj2022、Psj2642，养殖群体在位点Psj2022、Psj2031、Psj2409、Psj2642、Psj2889都出现了杂合子缺失现象，特别是养殖群体在位点Psj2022，其Hardy-weinberg遗传偏离指数达0.5164。结果表明，与自然群体相比，刺参养殖群体存在杂合度降低，遗传多样性下降的现象，这可能与人工养殖过程中，群体较小，引起近交机会增加有关。应制定相应的渔业生产和管理措施加以保护，以使刺参养殖持续健康发展。
2.运用微卫星DNA技术对刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群进行了遗传分析。对9个基因位点进行了PCR扩增，共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC)，范围在0.5129-0.8794之间。结果表明：3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824，平均杂合度期望值分别为0.7641、O.7161、0.7364；在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行了P检验，发现3个群体均有位点发生了显著偏离；对3个群体进行了配对Fst值计算，发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看，95.68％的变异来自个体之间，4.32％的变异来自群体之间。经过UPGMA聚类，发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近，烟台群体与前两群体亲缘关系较远。
3.采用RAPD技术对烟台(YT)，蓬莱(PL)，威海(WH)，大连(DL)沿海天然以及养殖刺参的遗传多样性进行了研究。实验用20条随机引物用于四群体的遗传多样性分析。结果表明：四群体多态位点比例和平均遗传杂合度分别为65.71％、57.57％、62.96％、65.51％和0.5833、0.5091、0.5546、0.5318。和野生种群相比，养殖种群各遗传参数上都有不同程度的降低。4个群体之间的遗传分化指数G<,st>值在0.0257～0.0554之间，其中蓬莱养殖群体与另三个自然群体之间发生了中等程度或接近中等程度的分化，而三个自然群体之间遗传分化很弱。经过UPGMA聚类分析，威海群体与大连群体之间亲缘关系最近，蓬莱养殖群体与三个自然群体之间亲缘关系最远。