随着中国经济进入“新常态”,中国经济已由高速增长阶段转向高质量发展阶段,经济增长模式急需由资源要素投入的粗放型模式向创新驱动的内生发展模式转变。近年来,全国各地都在加快科技进步和创新的步伐,大力提高自主创新能力,力争实现创新驱动、内生增长的发展目标。由于科技创新具有外部性和高风险性,因此离不开财政资金的投入与支持,在不断提高推进预算绩效管理工作的同时,规范财政支出绩效评价行为,建立科学、合理的绩效评价管理体系,提高财政资金使用效率,对全国各省市不断增长的科技投入的财政资金绩效管理提出了新的要求。同时,我国各区域之间本身经济、科技等发展水平就存在较大的差距,东部地区的科技发展水平明显优于中部、东北和西部地区,如此大差距的地方财政科技支出势必也会对科技水平的发展造成影响,进一步加大各区域之间的科技发展水平的差距。为此,文章首先结合科技产出的公共特性需要财政支持、财政绩效管理和效率评价方法理论,以2011-2018年全国各省市的数据为样本,从财政对科技的投入入手,建立DEA模型来考察财政支持科技的资金使用效率,进行分析与区域对比研究,通过建立Tobit模型来进行影响效率的因素分析及区域间影响因素的差别分析。通过实证分析得出全国整体财政科技投入效率较为可观,其中东部地区高于其他地区;在影响效率因素方面,不同类型的经费投入和人力投入对不同地区影响不同。基于现状分析和实证研究结果分别对全域层面和区域层面提出以下建议:第一,加大财政转移支付和本级财政对科技创新的扶持力度,优化财政科技资金的投向。第二,针对不同生产发展阶段进行有利于科技发展的补助政策。第三,构建完善具体的科技资金使用效率绩效评价体系。第四,加强财政科技资金使用的法制化建设。第五,针对不同地区因地制宜地采取不同的提高财政科技资金使用效率的等措施。