第三纪孑遗植物进化历史的研究不仅有助于探讨气候环境变迁对生物的遗传组成、种群分布格局和物种多样性的影响，而且可为生物多样性的保护提供理论指导。本研究在广泛群体取样的基础上，利用mtDNA（nad1、nad4）和cpDNA（trnS-trnG、rpl16）基因片段对分布于我国东南部地区、进化历史悠久的重要森林树种黄山松及其近缘种（分布于琉球群岛的琉球松和分布于台湾岛的台湾松）展开了谱系生物地理学研究。通过分析基因单倍型的分布和进化关系，结合群体遗传学分析，对黄山松及其近缘种的遗传结构、进化历史以及在第四纪冰期时可能的避难所及群体历史扩张事件进行了探讨，并对黄山松与其近缘种琉球松、台湾松的系统学关系进行了讨论。本研究共检测到7种线粒体单倍型和17种叶绿体单倍型，结果显示，就线粒体基因而言，黄山松群体有着较高的种内遗传多样性（HT=0.486）,遗传分化显著(FST=0.872)。黄山松及其近缘种种群间、种群内存在大量的基因流，主要是花粉流（Nm=11.58），而种子流相对很低（Nm=0.06）。黄山松及其近缘种mtDNA多样性在居群水平的分化程度很高(GST=0.823，NST=0.873)，U检验结果显示NST值显著大于GST值（U=0.71, P<0.01）。在AMOVA分析中，三种松树种间的mtDNA基因片段变异较高，占总变异的38.84%；而主要的遗传变异发生在黄山松及其近缘种居群间，占总遗传变异的53.29%；居群内的变异较低，占总变异的7.87%。而cpDNA基因片段的遗传变异主要集中在黄山松及其近缘种群体内部，占总遗传变异的94.52%。在mtDNA和cpDNA的Mismatch分析中，均可检测到黄山松群体历史扩张事件，我们推测其历史扩张时间分别约为51-10千年和99-14千年前，较最近一次第四纪盛冰川期（LGM，1.8万年前）前，表明第四纪冰期对中国东南部地区的物种形成与分化影响较小。在单倍型分布的分析中，黄山松及其近缘种线粒体单倍型的分布与地理距离不一致，这可能意味着黄山松及其近缘种在第四纪冰期存在多个避难所。在黄山松与其近缘种系统学关系的分析中，线粒体和叶绿体数据加上核基因ITS数据均不足以支持将黄山松隔离出其近缘种琉球松、台湾松单独作为一个种，本次研究更倾向于Li（1997）的观点，将黄山松、琉球松和台湾松作为Pinus luchuensis复合体。