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海南坡鹿是国家I级重点保护野生动物,属反刍动物,肠道微生物对其生存有重要意义,肠道中存在的微生物群落是该物种长期进化的结果,与动物的食性、机体免疫、营养需求等关系密切。通过拮抗实验筛选出益生芽孢杆菌,并采用高通量测序的技术,对海南坡鹿的肠道菌群做16S rRNA测序分析,挖掘肠道菌群中的优势菌群,研究结果如下:1、从健康海南坡鹿粪便中分离有益生潜力的芽孢杆菌,综合形态学、生理生化分析及分子学鉴定对筛选菌株进行鉴定,最终确定益生芽孢杆菌2-1-1为芽孢杆菌属、Y17为短小芽孢杆菌。2、通过构建菌群16SrRNA基因克隆文库和进行系统发育分析,对采集自广州动物园健康成年海南坡鹿的16个粪便样品的菌群结构和多样性进行分析,结果表明海南坡鹿粪便菌群分属于18个菌门,其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是核心菌门,分别占比50.49%和36.52%。海南坡鹿肠道菌群中丰度最高的前10个属分别为5-7N15,丰度值为7.181%、普雷沃菌属(Prevotella,3.159%)、密螺旋体属(Treponema,2.788%)、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio,2.545%)、颤螺菌属(Oscillospira,2.304%)、CF231 丰度值 1.843%、瘤胃球菌属(Ruminococcus,1.652%)、艾克曼菌属(Akkermansia,1.439%)、短杆菌属(Methanobrevibacter,1.340%)、梭菌属(Clostridium,1.333%)。3、对比不同性别海南坡鹿肠道菌群,通过T-test检验,统计出具有差异显著(p_value<0.05)的属共17个,在A组中丰度较高的属有:脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、Ruminobacter、梭菌属(Clostridium)、p-75-a5、草酸杆菌属(Oxalobacter)、02d06、埃希氏菌属(Escherichia)、YRC22、BF311、SHD-231、毛螺菌属(Lachnospira);在B组中丰度较高的属有:5-7N15、Butyricicoccus、Phascolarctobacterium、Anaeroplasma、Dorea、Blautia。