我国于2010年4月26日发布的《企业内部控制审计指引》等内部控制基本规范配套指引,要求执行企业内部控制规范体系的企业必须对本企业内部控制的有效性进行自我评价,聘请会计师事务所进行审计并出具内部控制审计报告。由注册会计师对企业内部控制进行审计,是促进企业尤其是上市公司实施企业内部控制规范体系的重要制度安排,同时,《企业内部控制审计指引》也为注册会计师执行内部控制审计工作提供了职业指南。为此,有关企业内部控制审计方面的研究越来越成为研究的热点,本文针对我国上市公司的内部控制审计问题进行研究,选题具有重要的理论意义和现实意义。本文对我国上市公司的内部控制审计问题进行了系统的研究。论文共分为六个部分。首先从内部控制及内部控制审计相关理论入手,回顾了企业内部控制审计的历史,分析了内部控制审计与财务报表审计的关系,二者的联系为整合审计的实施提供了理论基础。然后对我国内部控制审计发展历程进行描述,同时对我国内部控制审计已颁布的相关规范的内容及特点进行了分析和评价。重点通过对比2008-2011年沪深两市主板上市的公司内部控制审计情况及内部控制审计报告的依据及类型,对我国上市公司内部控制审计现状进行了分析,并对我国企业内部控制审计的实施从政策制定和实践方面进行了评价,总结出我国上市公司内部控制审计的特点以及存在的一些不足。接下来针对审计指引中未明确的整合审计流程及关键整合点,提出了整合审计的实施思路,并对该思路的可行性及运用进行了分析,通过对新华制药的整合审计案例来分析整合的过程,以证实整合审计的可操作性及可能达到的审计目标。最后,结合我国内部控制审计存在的不足及实施中应加强的内容,从制度层面和执行层面对完善内部控制审计提出了相关的建议,制度层面包括两方面内容,一是借鉴国外内部控制审计经验,制定企业内部控制审计准则,二是统一内部控制相关法规的口径；执行层面包括改善上市公司内部控制支持环境,鼓励上市公司进行整合审计,以及进一步提高注册会计师的执业能力。