现代农业的发展离不开农民的经济合作。在我国农业基础薄弱，城乡收入差距过大的历史背景下，解决城乡二元矛盾，提高农民收入更加需要广大分散小农的经济合作。虽然各国制定农民专业合作社法律的政治、经济与社会背景不同，但其根本目都在于保护农民、保护竞争，以促进国民经济发展，提高人民生活水平。在我国农业劳动力相对过剩、农业基础薄弱的历史条件下，以农民为主体的农民专业合作，不仅可以帮助农民抵御农业生产中的自然风险，还可以提高广大农民在市场谈判中的弱势地位，增强其博弈能力，从而把更多的农业收益留在农村，提高农民生产的积极性，增加农民收入。农民的经济合作必须有一定的制度基础和组织支撑。国外合作经济组织的典型形式是合作社，并且具有专门的立法规定。农民专业合作社制度的合理构建可以为农村产业发展、农民收入提高提供良好的组织基础和制度保障。我国农民专业合作社虽然发展迅速，数量激增，但是由于种种原因普遍存在着运行效率不高，治理结构松散甚至缺失，治理机制激励约束不足的现象。究其原因，主要有政府层面的问题、农民专业合作社自身的问题等，其中农民专业合作社自身的原因是内因起着决定性作用。完善农民专业合作社的治理是解决农民专业合作社效率低下问题的关键。虽然我国已经颁布《农民专业合作社法》，但是由于历史原因和立法理念的限制，相关法律规定仍显粗陋，一些必备规定尚付阙如，尤其是对农民专业合作社治理的规定仍有很大不足之处。研究农民专业合作社的治理，不能忽视我国当前农业弱势，农民低收入的历史前提。我国人多地少，农村劳动力过剩，农业在国民经济中处于弱势地位，城乡差距不断加大，是研究农村问题不可绕过的历史背景。在当前历史条件下，我国农民专业合作社天生的弱势地位和我国农民专业合作社的重要地位和作用，是研究农民专业合作社治理问题，需要考虑的客观现实。在当前，城乡收入差距加大，农民收入较低且增收困难，农业基本较弱，农产品价格波动较大，农村劳动力过剩的历史背景下，如何充分利用农民专业合作社的积极作用，在保证农民专业合作社性质的前提下，提高农民专业合作社治理的效率，是摆在广大理论界和实务界的重大课题。我国农民专业合作社治理的研究不能脱离我国农民专业合作社的实践和发展阶段，需要研究我国农民在特定资源禀赋和习惯文化约束下的具体行为，否则任何对合作社的合理化建议将变成空中楼阁。与发达国家和地区的合作社治理制度相比，我国的合作社治理制度在治理理念、基本原则的确立以及具体权利义务的构建等方面存在着较大差距，有待于在理论和实务层面进行进一步完善。我国的《农民专业合作社法》在第四章对农民专业合作社的组织机构进行了规定。由于历史原因和立法技术的限制，在合作社治理的制度规范上多有疏漏。农民专业合作社制度供给的不足和相关权利义务的缺失，不能为我国农民专业合作社治理的实践提供规范的指引，导致了合作社治理的低效。农民专业合作社治理的完善是提高其效率，实现其社会功能的关键，而农民专业合作社治理的研究在学界中却受到冷遇，相关的法学著作和法学论文寥寥无几。本文在此背景之下讨论了农民专业合作社治理的相关基础理论并提出了相关的具体制度建议，以期为我国合作社治理的完善贡献微薄之力。除引言部分之外，本文共有五部分组成。第一章是对农民专业合作社治理问题基本理论的分析。文章首先对农民专业合作社和农民专业合作社治理的概念进行了解读。在分析农民专业合作社的概念和特征的基础上，认为农民专业合作社的治理，是为了保护农民专业合作社及其社员的合法利益，连接并规范社员大会、理事会、监事会、经理和社员之间的相互权利义务关系的相关制度安排和机制。法学视角下的农民专业合作社治理，关注各机构之间和机构与社员之间的权利义务安排，通过构建相互之间合理的权利义务模型，来实现对农民专业合作社及其社员的利益保护。农民专业合作社的治理应包括治理结构和治理机制两个方面。其次，对农民专业合作社治理的原则进行界定，认为我国农民专业合作社的治理原则应包括：劳动优先原则、民主管理原则、兼顾公平和效率原则和权力分立和制衡原则。再次，以法哲学和法经济学的视角对农民专业合作社的治理进行分析，论证了农民合作社治理在价值上和效率上的合理性。最后，对农民专业合作社与相关经济组织进行比较分析，在比较的基础上深化对农民专业合作社的认识，为完善农民专业合作社治理提供理论准备。第二章是对农民专业合作社社员大会治理问题的研究。农民专业合作社各机构的权力来自于社员，要么来自于社员权利的亲自行使，如社员大会决议的约束力，要么来自于社员的同意和许可，如理事会或理事长的经营管理权。社员参与合作社治理积极性的调动是社员大会职能得到充分发挥的前提，社员权利的合理界定及其有效行使是农民专业合作社治理完善的关键。首先，在把农民专业合作社社员的权利分为公益权和自益权的基础上界定了社员的权利。接着，研究了农民专业合作社治理机构中两个重要的制度，社员代表制度和附加表决权制度。认为，社员代表制度的建立，可以降低农民专业合作社进行决议时需要组织和协调的人数，降低了会议的组织成本和时间成本，有利于避免中小社员“搭便车”的现象。在规模较大的农民专业合作社，通过社员代表制度可以使社员的意见在最大程度上得到表达。针对不同表决事项决定是否适用附加表决权的制度，既可以体现效率，也可以体现公平。最后，分析了农民专业合作社治理机制不畅的原因并认为为保证农民专业合作社社员大会职能的充分发挥，调动普通社员参与社员大会的积极性，需要在构建合理的激励体系。第三章是对农民专业合作社理事会治理问题的研究。首先，系统分析了理事会的职权及理事的注意义务和忠实义务。农民专业合作社的理事会在合作社的权力配置中处于重要的地位。在“委托—代理”理论的框架之下，理事不仅是农民专业合作社的拥有者之一，还是其他社员的代理人。在合作社的治理结构中，理事会处于合作社权力的执行机构的地位，合作社的经营业务由理事会管理。鉴于理事会职权的重要性，必须对理事会的职权及理事的义务进行系统的梳理。其次，对农民专业合作社理事的任职资格进行了界定。我国合作社法，没有对理事和理事长的任职资格作出明确规定。如果不对合作社理事的任职资格作出限制，则对理事的事前监督将无法发挥作用。再次，分析了理事会对经理的监督权。由于理事会作为合作社事务的执行机构对合作社的经营信息的获取具有天然的优势，而且合作社的理事大多由在合作社占有较大份额的社员组成，其对合作社事务更为积极，有利于提高其监督的效率，所以我国应明确规定理事会和理事对经理的监督权，只有这样才能更好地约束经理的行为。最后，从剩余索取权、薪酬激励和精神激励方面对农民专业合作社理事的激励机制进行了分析。第四章是对农民专业合作社监事会治理问题的研究。首先，认为农民专业合作社的监事会是合作社的监督机关，承担着对合作社的日常经营业务进行监督的职能，以保证农民专业合作社在维护社员共同利益的轨道上从事生产经营和管理活动。农民专业合作社的监事在各自组织中发挥着重要的监督职能，拥有重大的监督权力。监事承担职能的重要性必然要求对监事的行为予以规范，赋予监事一定的义务，使其更好地履行职能。其次，分析了农民专业合作社独立监事制度。认为在我国农民专业合作社的实践中存在着广泛的生产大户、经营能人等核心社员控制现象的情况之下，在农民专业合作社中建立独立监事制度，既可以保障合作社监督的有效性也可以保证合作社治理的公平性。最后分析了对农民专业合作社监事的激励和约束机制。第五章是对农民专业合作社治理的立法建议。首先，认为缺乏统一的组织机构和组织程序将导致法律的指引功能无从发挥，不利于农民专业合作社内部治理机制的建立，将导致合作社治理成本过高。总体来看，我国农民专业合作社治理立法的不足，主要表现在治理结构和治理机制两个方面。对我国我国农民专业合作社治理立法的不足从治理结构和治理机制两方面进行了具体分析。其次，在我国农民专业合作社发展实践的基础上，针对立法的疏漏，从规定社员代表大会制度；规定完善的社员权利；规定理事的报酬获取权；构建独立监事制度和构建合理的精神激励等方面对我国合作社治理提出了具体立法建议，以期合作社治理的完善。