医学科研经费的有效管理和使用，对医学领域优化资源配置、开展科技研发、支持科技创新、培育科技人才等起着举足经重的作用。近年来我国医学科研水平得到了较大提升，科研经费投入大幅增长，科研成果产出不断加大，但与发达国家相比，仍存在着创新能力不足、成果质量偏低、国际竞争力薄弱等问题。　　科研经费投入与产出的矛盾，足以说明我国的经费使用效率仍然偏低、经费管理工作不尽人意的现状。立足这一现状，结合国内外学者的相关研究成果，本文首先总结了我国科研经费管理中现存的预算模式僵化、项目管理与经费管理脱节、经费使用监管不力、人力资本补偿机制缺失、绩效考核体系存在缺陷等五大突出问题。由于医学科研经费管理属于我国科研经费管理的一部分，因此其存在的问题与科研经费管理中普遍存在的问题具有共性的特征。　　为得出更加客观公正的研究结论，本文以N医科大学的科研经费管理现状为例，进行了案例分析。首先，以问卷调查的方式，对该校科研人员经费使用的现状、科研管理部门经费管理的现状进行了调查，问卷中采用李克特五点量表对问题进行评价。根据调查统计结果，总结出N医科大学科研经费管理中最突出的几个问题，并比较了科研人员和科研管理人员两种不同调查对象的组间差异，激发了对医学科研经费管理问题的进一步思考。因国内相关研究多以定性研究为主，而本文采用定性研究与以问卷调查为主的定量研究相结合，因此，研究结果更为直观、更贴近实际。　　科研经费管理出现诸多问题，究其根本原因，还在于科研经费管理的体制机制不健全，原有管理模式不能适应科研经费大幅增长的现状。因此，本文认真梳理了新中国成立后我国科技体制的演变，对每个时期实行的不同体制给予了客观分析，并从现行的经费分配模式、管理制度、运行机制、法制体系等层面深入剖析了产生科研经费管理问题的原因，为提出有效的解决对策奠定了基础。　　在问卷调查结果分析和深层原因剖析的基础上，本文进一步提出了有针对性的解决对策，特别是改进和优化医学科研经费管理的一些新的建设性举措，如建立自下而上的经费分配方式、设立科研经费管理委员会以及科研会计一职等，以期为医学科研机构加强和完善科研经费管理提供方法借鉴，也为决策者未来制定科学、合理的科研经费管理政策提供理论支撑与经验参考。