德国洋甘菊（Matricaria chamomilla L.）为菊科母菊属一年生草本植物,只有花芳香,具有抗炎、抑菌、止泻、降压降脂和抑制肿瘤细胞等作用;罗马洋甘菊（Chamaemelum nobile L.）为菊科春黄菊属多年生草本植物,全草芳香,具有抗炎、抑菌、利胆、抗焦虑和治疗湿疹等作用。两种洋甘菊的头状花序均富含萜烯类成分,是最为重要的药用部位。本文以德国洋甘菊和罗马洋甘菊的管状花和舌状花为研究材料,利用固相微萃取与GC/MS联用技术,对两种洋甘菊管状花和舌状花的单萜和倍半萜类物质进行比较。同时,利用高通量测序（RNA-Seq）技术对两种洋甘菊的管状花与舌状花进行转录组测序,并筛选了萜类代谢合成途径中的关键酶基因,首次在转录组水平上比较分析了德国洋甘菊和罗马洋甘菊萜类物质差异的代谢调控机制。为德国洋甘菊和罗马洋甘菊功能基因的挖掘与利用、分子遗传标记和品种改良提供了理论支持和基础数据。主要研究成果有:1.利用固相微萃取与GC-MS联用技术检测了德国洋甘菊和罗马洋甘菊洋甘菊管状花和舌状花的香气成分。结果从德国洋甘菊的管状花和舌状花中分别检测出40种和13种单萜和倍半萜类物质,从罗马洋甘菊的管状花和舌状花中分别检测出16种和9种单萜和倍半萜类物质。表明德国洋甘菊和罗马洋甘菊管状花的单萜和倍半萜类物质均比舌状花丰富;德国洋甘菊的单萜和倍半萜类物质较罗马洋甘菊丰富。2.利用RNA-Seq技术对德国洋甘菊和罗马洋甘菊的管状花与舌状花进行转录组测序。德国洋甘菊三个生物学重复的花共获得53.31 Gb数据,得到117,203个Unigenes,平均长度1,056 bp,N50值为1,686 bp;罗马洋甘菊三个生物学重复的花共获得53.41Gb数据,得到147,616个Unigenes,平均长度914 bp,N50值为1,506 bp。3.将德国洋甘菊花和罗马洋甘菊花的Unigenes序列分别与蛋白数据库Nr、Nt、Swiss Prot、KEGG和COG进行比对,并进行GO、COG以及KEGG功能分类注释。在GO功能分类中,德国洋甘菊和罗马洋甘菊转录组数据库中分别有11,385和13,766条Unigenes被分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类的50、51个详细GO功能类别中;在COG功能分类中,德国和罗马洋甘菊两个转录组库分别鉴定出1660和1,974个与次生代谢合成、转运和分解相关的基因;在KEGG代谢通路中,德国和罗马洋甘菊分别鉴定出6,811和7,772个参与次生代谢物的生物合成途径的转录本。4.利用FPKM（Fragments Per kb per Million fragments）方法对两种洋甘菊管状花和舌状花进行差异基因的筛选。结果德国洋甘菊的管状花和舌状花共有14,695个差异基因,舌状花相对于管状花有6,694个基因上调,8,001个基因下调;罗马洋甘菊的管状花和舌状花共有4,801个差异基因,其中舌状花相对于管状花有2,921个基因上调,1,880个基因下调。对这些差异基因进行分析,包括GO分类和KEGG代谢通路分析。获得了萜类代谢途径上的大量候选基因。在德国洋甘菊萜类合成途径的MVA途径中,管状花与舌状花相比分别有2个AACT,4个HMGS和2个HMGR基因表现上调。在MEP途径中,1个上游限速酶DXS和2个DXR的差异基因均表现下调。以IPP为节点的下游途径中,GPPS候选基因有1个上调和2个下调,FPPS候选基因有2个上调和4个下调。GGPPS,SS和PSY均表现为下调,同时有17个TPS差异基因被筛选出来,15个为下调。而在罗马洋甘菊中,与萜类代谢合成途径相关的酶表现不如德国洋甘菊活跃,只有1个MK上调,1个FPPS下调和3个TPS表现为下调。5.利用实时荧光定量的方法,对德国洋甘菊和罗马洋甘菊转录组中差异表达的基因进行验证,实验结果与转录组的结果一致率为90.48%。