核酸G-四联体的功能分析及其序列模式识别

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在生理条件下,核苷酸链除了常见的碱基配对形成双螺旋结构,还存在其他特殊的二级结构,G-四联体就是其中一种非常特殊且重要的二级结构。已有研究表明,G-四联体结构在端粒保护、DNA复制、转录以及RNA翻译中具有重要的调控作用。但是现有研究对于RNA上的G-四联体研究较少,因此本文利用RNA上G-四联体的测序数据,对RNA上的G-四联体从调控功能和序列特征进行分析,希望能对G-四联体的深入研究提供一定信息。首先采用DMS-seq方法对RNA进行二级结构测序,再从二级结构中得到G-四联体的位置,从而实现了对G-四联体的测序。测序结果显示,G-四联体在m RNA上分布不均衡,CDS区最少,5’UTR密度最高,3’UTR数量最高,而且G-四联体在起始密码子和终止密码子附近高度聚集。对G-四联体功能分析显示G-四联体在m RNA上不同位置具有不同的功能,在5’UTR上可能具有降低基因表达的功能,而在3’UTR区G-四联体会阻碍mi RNA与m RNA的结合,间接提高基因表达。最后对G-四联体的序列分析显示,测序得到的G-四联体与其序列具有显著的相关性,然后利用GLAM2工具对G-四联体的序列模体进行总结,得到了初步的G-四联体序列模体,然后通过决策树得到了G-四联体序列上最重要的三联密码子特征:GGG,GGC,CCT,GCA,GGA,AGG,GAG。最后对分类表现优秀的卷积神经网络进行可视化,分析了卷积核所提取的特征。论文系统地研究了m RNA中的G-四联体,统计了G-四联体的位置分布,探索分析了G-四联体的调控功能,剖析了G-四联体的序列特征,研究结果可能为阐述和深入研究RNA中的G-四联体提供了一定的参考。
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