蓝氏贾第虫（Giardia lamblia）和芽囊原虫（Blastocystis sp.）是两种能感染人和大多数脊椎动物的人兽共患机会性肠道原虫。艾美耳球虫（Eimeria spp.）是一种寄生性原虫,可感染包括兔在内的多种动物。这3种肠道原虫的流行在全世界范围内十分广泛,可引起兔以及其它动物的严重感染性疾病。由于这3种原虫对环境顽强的抵抗力以及强大的繁殖力,使得其可以长期且广泛的存在于环境中,可引起人或动物相应的肠道原虫病。这些肠道原虫主要侵袭宿主的消化道,造成腹泻、腹痛、脱水以及肠道组织损伤。兔感染这些肠道原虫后,可造成消化吸收能力下降,最终引起病兔营养吸收障碍和生长性能下降,给兔养殖业造成巨大经济损失。虽然对肠道原虫的研究一直没有间断,但目前对兔肠道原虫的研究报道较少。本研究为明确兔肠道原虫的流行病学,从甘肃省3个流行地区随机采集兔粪便作为样本,进行风险因素分析和基因型鉴定。从甘肃省平凉、酒泉、武威3个地区采集了5个不同品种兔的592份粪便样品,其中平凉市373份,酒泉市120份,武威市99份。从粪便样本中提取基因组DNA,采用巢式PCR方法扩增β-贾第素（bg）、谷氨酸脱氢酶（gdh）和磷酸丙糖异构酶（tpi）基因位点检测蓝氏贾第虫感染率,并进行了基因分型研究。结果发现甘肃省兔的蓝氏贾第虫总感染率为8.6%（51/592）,其中,酒泉市兔蓝氏贾第虫感染率为14.2%（17/120）,武威市的为13.1%（13/99）,均高于平凉市的5.6%（21/373）。不同品种兔之间,伊普吕兔阳性率为13.1%（13/99）,伊拉兔阳性率为8.7%（38/435）,但在伊高乐兔、獭兔、比利时兔中未检出阳性。不同地区间统计学差异显著（P<0.05）,但不同年龄、品种、性别间统计学差异不显著（P>0.05）。分析序列后,发现3种基因型（集聚体A、B、E）,优势基因型为集聚体E。本研究采用PCR的方法,扩增小亚基核糖体SSU r RNA（small subunit ribosomal RNA,SSU r RNA）,检测了兔体内的芽囊原虫感染。结果发现,兔芽囊原虫总感染率为10.5%（62/592）,其中酒泉、武威、平凉3个地区兔芽囊原虫感染率分别为16.7%（20/120）、11.1%（11/99）、8.3%（31/373）。比利时兔（20.0%,1/5）的芽囊原虫感染率依次高于伊高乐兔（16.7%,7/42）、伊普吕兔（11.1%,11/99）以及伊拉兔（9,9%,43/435）,獭兔中未检出芽囊原虫。不同地区差别是影响兔芽囊原虫感染的风险因素（P<0.05）,但不同年龄、品种、性别间统计学差异不显著（P>0.05）。发现ST4和ST10亚型,其中ST4为优势基因型。采用兔艾美耳球虫种特异性PCR方法,扩增艾美耳球虫核糖体第1内转录间隔区（ITS1）序列。结果发现,兔艾美耳球虫的总感染率为50%（296/592）;通过序列比对分析共鉴定出了7种不同的兔艾美耳球虫,分别是大型艾美耳球虫（24.5%,145/592）、肠艾美耳球虫（4.1%,24/592）、中型艾美耳球虫（11.5%,68/592）、穿孔艾美耳球虫（19.8%,117/592）、维氏艾美耳球虫（24.5%,145/592）、小型艾美耳球虫（4.9%,29/592）和盲肠艾美耳球虫（0.84%,5/592）;以大型艾美耳球虫、维氏艾美耳球虫、穿孔艾美耳球虫为感染的优势虫种;同时发现所调查的养殖兔中有多重球虫感染的情况,最多包括四重感染。统计学分析显示,不同地区、品种、年龄因素（P<0.05）是影响兔艾美耳球虫感染率的风险因素,提示应该针对这3种因素采取有效的防控措施。本研究通过对甘肃省兔蓝氏贾第虫、芽囊原虫、艾美耳球虫感染情况的研究,明确了不同虫种/基因型在兔中的分布状况,分析不同因素对于感染情况的影响。特别是在国内首次发现兔可感染芽囊原虫ST10基因型。研究结果将提高对兔肠道原虫病临床研究、研究地区该病流行强度、感染源跟踪等的认知程度,对进一步评估人和动物的健康风险非常重要,也为未来肠道原虫的研究提供了参考和基础数据。