独立学院是政府在高等教育从精英教育发展为大众教育阶段的特有制度安排和公共产品，当前已经成为中国高等教育改革和发展的重要组成部分。独立学院具有“类私立大学的办学模式，办学公益性后的资本盈利性，董事会领导下的内部决策管理机制，运行管理行为灵活多变性等”等总体特点，因为不同利益相关者利益诉求的影响，办学目标和方向不明确乃至高度同质化，管理水平和效率滞后的影响，相关法律法规政策的滞后与不完善等方面的原因，造成独立学院在实际运行过程中面临着制度设计的先天不足，办学过程突出资本逐利性，内部运行管理过程难以均衡，管理决策机制存在不合理现象，组织结构设计不科学等实际问题等基本问题。构建差异化育人为导向的独立学院运行管理模式既要遵循独立学院的历史渊源和现实情况，又要遵循现代高等学校的基本特点和具体选择，更要遵循独立学院不同利益相关者的利益关切，系统研究、讨论各方面的问题显得尤为迫切。　　本研究从现代管理理论的视角，结合重庆邮电大学移通学院的实际做法，探讨以差异化育人为导向的独立学院运行管理模式构建。论文研究重点关注其内部配置与控制、制衡与监督、评价与激励等基本问题，并结合西方主要发达国家私立大学在运行管理方面的先进经验和独立学院在运行管理方面的一般要求和选择，从治理结构、管理概念、组织结构、监督机制和激励体系等方面系统讨论和分析，提出并遵循独立学院“类私立大学”的总体特点，把握学生的实际特点和市场对学生的实际需求，系统构建了差异化和特色育人为导向的独立学院运行管理体系。