本研究以新疆褐牛为研究对象,通过群体遗传学分析,选择不同SCC水平的新疆褐牛,利用MeDIP-seq方法构建了新疆褐牛不同体细胞数全基因组甲基化模式,利用BSP法分析了TRAPPC9基因的DNA甲基化程度,从群体水平和表观遗传水平解析与乳房炎抗性密切相关基因的遗传变异机制,主要结果如下:(1)收集新疆褐牛繁育中心2014年至2017年DHI测定的5 739条记录,最小二乘方差分析表明年度、季节、胎次、品种对体细胞分均有极显著的影响(P<0.01),新疆褐牛的体细胞评分极显著低于中国荷斯坦牛。通过DMU软件对新疆褐牛的产奶性状遗传参数估计表明新疆褐牛体细胞评分的遗传力为0.13。(2)采用DNA甲基化免疫共沉淀测序技术对不同体细胞数水平新疆褐牛血液样品进行全基因组DNA甲基化的检测,发现两组分别有49 757 183、37 459 756个reads比对到参考基因组的唯一位置上,在基因间区的peaks最多,其次是内含子、外显子和启动子等。筛选到的新疆褐牛乳房炎抗性相关差异基因1 934个。(3)结合前期MeDIP-seq中的差异DMR分析了TRAPPC9基因与CD4基因差异DMR区域CpG岛富集情况,采用BSP法分析得知临床乳房炎牛TRAPPC9基因DMR区域CpG甲基化状态均较高;CD4基因DMR区域中,临床乳房炎牛CpG岛甲基化率显著低于健康牛的CpG位点甲基化水平。