驴具有肉、皮、药、乳、役兼用的多种经济途径,役用是驴的主要畜用途径,近年来,随着农业机械化程度的不断提高和交通运输条件的逐渐完善,驴作为役用的使用价值迅速降低,我国养殖驴产业逐渐向副产业方向发展。驴乳是驴养殖业的主要副产品,具有较高的营养价值,是一种珍贵的乳品资源。相比于牛乳,驴乳营养构成与人乳更为接近,被认为是母乳的潜在替代品。全面解析蛋白的组成是蛋白质功能研究的基础,但是对驴乳和牛乳蛋白组随泌乳期的动态变化研究鲜有深入报道。考虑到酪蛋白已经研究的较为透彻,本研究从乳清和乳脂肪球膜两个层面,对驴初乳与驴常乳蛋白进行了定量蛋白质组学研究,通过平行反应监测方法靶向验证具有潜在功能的驴乳蛋白,并详细比较不同泌乳期驴乳与牛乳蛋白的差异,丰富了驴乳与牛乳蛋白质的组成和基因功能的相关信息,为深入了解不同泌乳期驴乳与牛乳蛋白的功能提供了新思路,为生产更接近母乳的婴幼儿配方乳提供了一定科学依据。其主要研究结果如下:采用无标记定量蛋白质组学方法对乳清蛋白组进行表征,结合平行反应监测(PRM)方法验证LC-MS/MS结果的准确性。在驴初乳和常乳中共鉴定到300种乳清蛋白,共有乳清蛋白275种。驴初乳和驴常乳中分别鉴定到288和287种乳清蛋白,其中差异表达18种;驴初乳和驴常乳中分别鉴定到13和12种特异性表达乳清蛋白。GO功能注释分析显示,差异表达和特异性表达乳清蛋白质主要参与细胞过程、刺激反应、代谢过程和生物调控;主要参与的分子功能包括结合功能、催化活性和分子功能调节;主要涉及的分子组分是细胞、细胞部分和细胞外区域。KEGG通路分析表明,多数差异表达和特异性表达蛋白质与疟疾、系统性红斑狼疮或抗原处理和递呈有关。PRM实验验证了LC-MS/MS结果的准确性。驴乳中富含高水平的溶菌酶和聚合免疫球蛋白受体等蛋白,具有抑菌,抑制肿瘤增殖和免疫促进作用。驴初乳中高丰度的载脂蛋白B在调节脂质代谢,促进胆固醇稳态中具有重要作用;驴常乳中高丰度的组织蛋白酶B和TGF-β在机体免疫应答,抑制肿瘤增殖和新生儿肠炎中发挥更重要作用。采用无标记定量蛋白质组学方法对MFGM蛋白组进行表征,结合平行反应监测(PRM)方法验证LC-MS/MS结果的准确性。驴初乳和驴常乳中共鉴定到947种MFGM蛋白,其中共有MFGM蛋白868种。驴初乳和驴常乳中分别含有902和913种MFGM蛋白,其中共鉴定到61种差异性表达MFGM蛋白。驴初乳和驴常乳中分别鉴定到34和45种特异性表达MFGM蛋白。GO功能注释分析显示,MFGM蛋白参与最多的生物过程主要包括细胞过程、代谢过程、生物调控和生物过程调控;常见的分子功能是结合和催化活性;MFGM蛋白主要来源于细胞和细胞部分。不同泌乳期驴乳MFGM蛋白主要参与的KEGG途径包括内吞作用、产热、阿尔茨海默病、癌症通路和人乳头瘤病毒感染。在PRM验证实验中,初乳MFGM中的上调载脂蛋白A1(F6Z2L5)在初乳中富集,而成熟乳中上调的脂滴包被蛋白(F6Q9R1)在驴常乳中高度富集。PRM实验验证了LC-MS/MS结果的准确性。驴初乳MFGM中40S核糖体蛋白S25(RPS25)、60S核糖体蛋白L11(RPL11)和载脂蛋白A1在抗癌过程和新生儿组织的快速生长发育过程中发挥作用;驴成熟乳MFGM中神经原质和脂滴包被蛋等蛋白可能在新生儿的学习记忆中发挥更重要的作用。利用定性蛋白质组学技术,在不同泌乳期驴乳和牛乳乳清蛋白质中共鉴定到765种乳清蛋白,在驴初乳,驴常乳,牛初乳和牛常乳中分别鉴定到387、383、447和529种乳清蛋白。GO功能注释分析显示,不同泌乳期驴乳和牛乳乳清蛋白共同参与的生物过程主要包括刺激反应、代谢过程、定位、发育过程和免疫系统过程;共同涉及的分子功能包括水解酶活性和调节酶活性等;常见的细胞成分包括胞外区域。KEGG通路分析显示,驴初乳、驴常乳、牛初乳与牛常乳乳清蛋白在KEGG数据库中分别对应23、24、26和25条通路;补体和凝血级联、溶酶体和内质网蛋白加工等是四组样品共同参与的途径。驴初乳与牛初乳特异性表达乳清蛋白分别为181和241种;驴常乳与牛常乳特异性表达乳清蛋白分别为183和329种。驴初乳与驴常乳特异性表达乳清蛋白分别为50和46种;牛初乳与牛常乳特异性表达乳清蛋白分别为66种和148种。乳清蛋白在驴乳与牛乳间的差异远大于其在不同泌乳期乳清蛋白组成。驴乳乳清蛋白可能在抑制肿瘤发生的信号通路中发挥重要作用;牛乳在宿主防御和炎症反应过程中发挥更重要作用。利用定性蛋白质组学技术,在不同泌乳期驴乳和牛乳MFGM中共鉴定到2269种MFGM蛋白,在驴初乳,驴常乳,牛初乳和牛常乳MFGM中分别鉴定到1236、1243、1393和1753种蛋白。不同泌乳期驴乳和牛乳MFGM蛋白共同参与的生物过程主要包括单一生物过程、代谢过程、定位、生物粘附和免疫系统过程;共同涉及的分子功能包括结合功能、催化活性和结构分子活性;常见的细胞成分包括细胞器、胞外区域等组分。驴初乳、驴常乳、牛初乳与牛常乳MFGM蛋白在KEGG数据库中分别对应62、41、51和59条通路,四组样品中MFGM蛋白共同参与了代谢通路、蛋白过程和核糖体等信号通路。驴初乳与牛初乳特异性表达MFGM蛋白分别为422和579种;驴常乳与牛常乳特异性表达MFGM蛋白分别为385和895种。驴初乳与驴常乳特异性表达MFGM蛋白分别为154和161种;牛初乳与牛常乳特异性表达MFGM蛋白分别为159和519种。驴乳MFGM蛋白在抑制肿瘤、血液等相关疾病中发挥更重要作用,牛乳MFGM在抵御炎症,抗击细菌及病毒等生物过程中发挥更重要作用。本研究为深入了解驴乳与牛乳蛋白的功能提供新思路,为生产接近母乳的功能性婴配方乳粉提供科学依据。