杨树（Populus）是我国重要的工业用材和生态树种。杨树的常规育种主要针对表型进行选育,其周期长、稳定性差并且容易受环境影响。随着二代测序技术的发展,SNP标记已经广泛用于林木遗传图谱的构建、QTL定位和分子标记辅助育种。相比于SNP标记,SSR标记具有较高的多态性和通用性。但是,目前还没有根据在林木作图群体中的二代测序数据获取SSR标记基因数据进而用于遗传作图的软件包。本研究首先开发了一款软件用于获取群体中大量个体高质量的SSR标记基因型数据,然后利用该软件对美洲黑杨和小叶杨杂交F1代群体的限制性位点关联DNA测序（RAD-seq）数据进行SSR基因分型,最后构建了两个亲本的SSR遗传连锁图谱。主要研究结果如下:1.开发了一款名为SSRGT的软件包,可在网址https://github.com/zhangjinpeng Githu b/SSRGT上免费获得。该软件主要包含以下四个步骤:第一,识别用户提供的参考序列文件中的SSR位点信息;第二,将作图群体中所有个体的双端测序数据比对到参考序列,提取高质量比对结果,获得变异位点信息（VCF）文件;第三,根据第一步产生的SSR位点信息文件,从亲本和子代的VCF文件中挖掘SSR位点并且进行基因型分型;第四,根据孟德尔分离比和缺失基因型的百分比来过滤SSR标记,并且根据作图群体类型生成对应分离类型的文件。这四个步骤可以用一个命令运行,也可以单独运行每个步骤。2.利用全基因组重测序数据对美洲黑杨和小叶杨的多态性SSR标记进行了统计分析。结果显示两个物种间有28,862个多态性SSR位点。通过基因组注释文件可以将这些多态性SSR位点分为4个区域,即非基因区域、编码区、非翻译区和内含子。其中,位于非基因区域的SSR数量最多,占多态性SSR总数的59.58%;其次是位于内含子中的SSR,占29.05%;然后是非翻译区中的SSR,占6.02%;最少的是编码区的SSR,占5.35%。对于编码区的SSR,发现最多的是三核苷酸重复类型,共有1264个。进一步对编码区的SSR进行功能注释,发现含有SSR的基因主要参与基础代谢和信号传导,此外一些基因属于WD40转录因子、AP2基因家族、Myb基因家族或WRKY基因家族等。3.利用新开发的SSRGT软件成功地获得了美洲黑杨和小叶杨F1代杂交群体的双亲及其106个子代的大量高质量的SSR标记,构建了两个亲本的SSR遗传连锁图谱。其中,母本美洲黑杨遗传图谱包含336个SSR标记,共21个连锁群,总图距4740.87 c M;父本小叶杨遗传图谱包含219个SSR标记,共23个连锁群,总图距2690.99 c M。通过对12个子代在5个SSR标记位点上进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示59个成功扩增的SSR基因型中有54个与SSRGT软件计算的基因型结果一致,一致性达91.5%。本研究开发的SSRGT软件可以在一个作图群体中挖掘出大量SSR基因型数据,作图群体可以是自交系中的回交群体和F2代群体,也可以是远缘杂交的F1代群体。本研究利用二代测序数据构建SSR遗传连锁图谱为林木遗传作图提供了新的策略,将加快林木群体遗传变异分析、遗传连锁图谱构建、数量性状基因定位和分子标记辅助育种等研究进程。