“三农”问题关乎国计民生,土地问题又是三农问题的重中之重。农村土地流转益处颇多,不仅能够促进农业现代化、提高农业综合竞争力,还可以改善农民生活、推进乡村振兴,因此,农村土地流转趋势不可阻挡。农民作为乡村振兴和农业发展的主体和重要参与力量,其合法权益理应得到重视和保障,但在当前农村土地流转过程中,农民的各项合法权益存在遭到侵犯的困境,这种合法权益的缺失易打击农民进行土地流转的积极性,不利于“三农”问题的解决,甚至还可能成为乡村振兴路上的绊脚石。本文基于相关理论,分析了现阶段我国农村土地流转中农民权益保障取得的成效、问题,并深入的分析了导致问题的原因,进一步从完善农村土地流转制度、完善农村社会保障体系、加强对土地流转与农民权益保障法律法规的建构、切实推动基层政府切实落实行政责任、多途径增强农民综合维权能力五个维度来探讨保障农民权益的相关对策。以期能够切实保障农民在土地流转中的各项合法权益不受侵犯,推动农村土地合法有序流转,助力乡村振兴,维系社会公平正义。