应用N19小调控RNA文库靶向全基因组筛选间充质干细胞抗BMP9诱导成骨分化

来源 :重庆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhangsen168
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:研究显示骨肉瘤的发生与间充质来源干细胞“增殖与分化失衡”密切相关,即存在“抗分化”学说,但具体发生机制尚未完全明确。小调控RNA是长度较短的起重要调控作用的RNA,是生命活动的重要调节因子,参与间充质干细胞的成骨分化调控。骨形态发生蛋白9(BMP9)是属于TGF-β家族的多功能生长因子,在体内和体外具有极强的诱导间充质干细胞成骨分化能力。前期课题组自主构建了双向表达19个随机碱基(N19)的小调控RNA文库。为模拟间充质干细胞体内“增殖与分化失衡”介导骨肉瘤的发生过程,我们利用N19小调控RNA文库靶向全转录本在体外及裸鼠体内筛选间充质干细胞抗BMP9诱导成骨分化的细胞表型,明确介导抗成骨分化的单个N19小调控RNA,并阐明小调控RNA抗成骨分化的分子机制,为进一步研究骨肉瘤发生机制奠定实验基础。方法:(1)以课题组前期构建的N19小调控RNA文库为基础,经逆转录病毒包装后感染i MEF细胞,建立N19小调控RNA文库稳定表达细胞模型,同时,利用BMP9腺病毒(Ad BMP9)刺激诱导间充质干细胞成骨分化,在裸鼠体内筛选其抗成骨分化细胞表型,获得抗分化细胞模型。(2)借助DNA高通量测序技术以及生物信息学分析,我们寻找在抗成骨分化细胞中不断富集的N19小调控RNA序列(DON);同时,在i MEF、原代MEF、i BMSC等间充质干细胞中鉴定富集的DON体内、体外介导抗成骨分化能力,并明确抗成骨分化能力最强的DON序列。(3)机制上借助DNA全外显子测序技术检测抗成骨分化细胞中的基因外显子突变,生物信息学分析在多轮体内筛选过程中呈趋势性富集的SNV,并通过功能实验,阐明在抗成骨分化细胞中富集的SNV是mi RNA的潜在结合位点。(4)以构建si RNA在细胞中稳定表达工具为例,探索多个小调控RNA同时在细胞中稳定表达策略。(5)以质粒DNA纯化为例,探索提高质粒DNA在细胞中表达效率的方法。(6)以mi RNA表达谱检测为例,探索小RNA(尤其是低丰度的小RNA)的富集及检测方法。结果:(1)我们以i MEF细胞为基础,成功构建了N19小调控RNA文库稳定表达细胞模型i MEFn19;同时,经过4轮体内及体外筛选,获得了抗成骨分化的i MEFOR细胞(包括i MEFOR1A、i MEFOR1B、i MEFOR1C、i MEFOR1D);(2)通过对i MEFOR细胞文库所在区域高通量测序,我们寻找到了在i MEFOR细胞中富集程度较高的单个N19片段DON1-7;对DON1-7进行体内、体外抗BMP诱导成骨分化能力鉴定,发现DON3、DON6具有较强的抗成骨分化能力;(3)对i MEFOR细胞进行全外显子测序,发现i MEFOR细胞存在4277个共同富集的SNV;随机挑选7个在筛选过程中呈趋势性富集的SNV进行mi RNA结合位点预测及验证,发现7个SNV均是mi RNA的潜在结合位点;SNV单个碱基的改变,影响mi RNA种子区域的结合;SNV对应转录本以及其潜在结合mi RNA在i MEFOR细胞中表达失调;(4)以si RNA表达为例,借助Bst XI限制性内切酶可特异识别CCANNNNN^NTGG位点特性,我们构建了以p SEB361-si RNA为载体的小RNA表达质粒,该质粒可同时双向表达多个小调控RNA或单个小调控RNA的多拷贝表达;(5)借助大小选择性磁珠(SSMBs)可快速分离分子大小差距较大的DNA/RNA的特性,我们设计并验证了质粒的快速纯化方法,极大地去除了质粒中污染的RNA,并保留质粒的超螺旋完整性,从而提高了质粒在细胞中的转染效率;(6)同理,以mi RNA为例,借助SSMBs,我们设计了从总RNA中去除长转录本,保留并富集小RNA的方法,并优化了小RNA的RT-q PCR检测策略(LTMT-Tq PCR)。结论:(1)本研究通过N19小调控RNA文库体外及体内筛选成骨分化能力不断减弱、增殖能力不断增强的i MEFOR细胞,即抗成骨分化细胞,该细胞具备骨肉瘤细胞样特性,提示该筛选过程在一定程度上模拟了骨肉瘤的发生过程;(2)富集的单个N19片段DON3和DON6在体内和体外均具有较强的抗成骨分化能力,提示DON3和DON6在抗成骨分化过程中起着重要作用;(3)机制上我们发现i MEFOR细胞中存在大量趋势性富集的SNV,N19小调控RNA极可能通过mi RNA调控SNV富集促进抗成骨分化,进而导致骨肉瘤的发生;(4)我们基于Bst XI优化了多个si RNA同时的表达系统,该系统可用于多个小调控RNA的双向表达或者单个小调控RNA多拷贝稳定表达;(5)基于SSMBs大小选择性分离原理,我们可快速去除质粒中的污染RNA,保持质粒的完整性,提高质粒转染效率;(6)我们设计并优化的LTMT-Tq PCR策略,可去除长转录本、保留并富集小RNA,从而提高低丰度小RNA的检出效率,适用于小RNA的表达谱筛查。
其他文献
背景:自身抗原激活的效应T细胞,尤其是T辅助细胞1(T helper1,Th1)和T辅助细胞17(T helper 17,Th17)参与了自身免疫性葡萄膜炎等多种自身免疫性疾病的发病机制。在过度活化的免疫微环境中,这些效应T细胞表面表达的程序性细胞死亡受体1(Programmed cell death protein 1,PD-1)缺少相应的消除信号分子,将一直维持高表达水平;同时,效应T细胞因其
学位
本文对2012—2022年我国丝路经济带沿线省份(自治区、直辖市)人力资本与经济发展的匹配性进行分析,并探讨影响匹配性的因素。结果表明:丝路经济带沿线省份(自治区、直辖市)人力资本与经济发展有着较高的匹配程度,但二者的匹配性在逐渐下降;经济发展水平、产业水平与城市化水平对匹配性的提升具有显著促进作用,而人力资本存量与教育投入则表现出抑制作用。因此,要推进产业结构优化,加大对人力资本的宏观调控力度,
期刊
第一部分特发性少年儿童葡萄膜炎患者对环孢素A联合糖皮质激素敏感分子及其作用机制的研究背景:少年儿童常因其表述和感觉能力不完善而延误诊治,特发性少年儿童葡萄膜炎(PIU)是少年儿童葡萄膜炎最常见的类型。环孢素A联合糖皮质激素(Cs A&CS)是一种广泛应用于PIU患者临床治疗的方案。尽管有一小部分PIU患者会对这种治疗方案产生耐药,但大部分患者都对治疗敏感。然而,PIU患者对Cs A&CS治疗的敏感
学位
目的:非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)是指除酒精和其他明确的损伤肝脏的因素之外,所发生的肝脏病变,是最常见的慢性肝脏疾病。肝细胞脂质从头合成(de novo lipogenesis,DNL)的增加是NAFLD发生的重要诱因。脂肪酸转运酶(fatty acid translocase,FAT/CD36)作为一种脂肪酸转运蛋白,在多种类
学位
目的:表皮生长因子受体(EGFR)/Erb B家族成员是最重要的肿瘤分子治疗靶点。尽管EGFR受体酪氨酸激酶的小分子抑制剂(EGFR-TKIs)已广泛应用于临床,但其治疗乳腺癌的效果令人失望。众所周知,EGFR主要定位于细胞膜表面的脂筏中。其生物学功能深受细胞膜脂质代谢的影响,并且与S-棕榈酰化的调节密切相关。ZDHHC1属于DHHC棕榈酰转移酶家族中的一员,与脂质代谢密切相关。本研究的目的是通过
学位
前列腺癌(PCa)是男性最常见的恶性肿瘤之一,发病风险随着年龄的增加而增大。晚期转移性PCa患者的5年总体生存率只有30%。多西他赛是一种紫杉烷类抗有丝分裂的药物,是目前用于转移性去势抵抗性PCa化疗的1类推荐用药。然而在治疗过程中绝大多数患者不可避免的出现药物抵抗的现象。目前的研究认为多西他赛耐药主要与β微管蛋白亚型突变,药物流出泵的激活,雄激素受体,肿瘤微环境和自噬等有关,然而具体机制仍有待阐
学位
研究背景:肿瘤免疫疗法可在不同类型或已扩散癌症的患者体内激发持久的抗肿瘤免疫应答,并且取得突破性的治疗进展。随着免疫检查点抑制剂(Immune Checkpoint Inhibitors,ICIs)和调节剂的发现,为已有的肿瘤免疫疗法提供新的思路,通过增强机体内固有的T细胞抗肿瘤反应,以杀伤肿瘤细胞。同时一些ICIs已经被监管部门批准应用于恶性黑色素肿瘤和血液恶性肿瘤。但由于ICIs治疗用于乳腺癌
学位
目的:多囊卵巢综合征(PCOS)是一种常见的生殖与代谢紊乱的女性内分泌疾病,其病因尚不清楚,治疗方法也不尽人意。多囊卵巢综合征患者通常表现出胰岛素抵抗(IR)和高雄激素血症,增加了患心脏病、糖尿病和子宫内膜癌的风险。虽然并非所有多囊卵巢综合征患者都会出现胰岛素抵抗,但血脂异常与胰岛素抵抗显著相关。PCOS是一种慢性低度炎症状态,目前已有大量文献证明,持续的低度炎症在该疾病的代谢异常和卵巢功能障碍的
学位
第一部分 骨细胞Wnt信号加速骨折愈合功能研究目的:明确激活骨细胞Wnt信号对骨折愈合的影响。方法:构建骨细胞经典Wnt信号激活(daβcatOt)小鼠和野生型对照小鼠的右侧胫骨骨折内固定愈合模型。采用影像学、组织形态学方法观察小鼠骨折愈合的过程以及愈合的速度和质量。分别收取骨折后1、2、3和4周的胫骨标本,经固定、脱钙后,石蜡包埋和切片、组织学HE染色、破骨细胞TRAP染色等,研究愈合过程的形态
学位
目的:营养过剩导致的肥胖已经成为威胁人们健康的重大公共卫生问题。肥胖是胰岛素抵抗的主要危险因素,而胰岛素抵抗是2型糖尿病,心血管疾病等代谢性疾病的关键病因。肥胖所致的脂肪过多积累常常累及肝脏、胰腺以及骨骼肌等组织,这部分异位脂肪(Ectopic fat)可加剧胰岛素抵抗(Insulin resistant,IR)。研究表明,肌肉来源的纤维/脂肪祖细胞(Fibro/adipogenic progen
学位