中国一直对“三农”问题高度重视，一事一议财政奖补制度自2008年在中国试点实行以来，已走过十年的历程。制度的实施丰富了农村公共产品的供给、完善了农村的基础设施建设、加强了村民的民主议事与参政议政能力、融洽了干群关系、提升了村级组织的凝聚力与干事热情。制度在实施过程中获得了很好的收效，当然也不免出现一些不足。本文要研究的就是制度在运行中存在的一些困境，具体表现为议事难、申报难、资金缺乏、管护难等方面，这些问题的存在制约了一事一议财政奖补制度在广大农村发挥更好的效用。本文以公共产品与公共财政为理论基础，以内蒙古自治区M镇为实例分析，通过文献研究、案例、问卷调查等方法分析了一事一议财政奖补制度在运行中存在的困境，并详细剖析了问题产生的原因，并从加强宣传引导、发挥各参与主体作用、做好项目规划及预算编制、研究降低财政奖补制度申报门槛、扩大资金投入渠道、建立健全项目后续监督管理机制等六个方面提出了解决对策。