为了研究扬子鳄（Alligator sinensis）种群MHC基因的多态性,我们选取了安徽宣城野生扬子鳄种群、安徽省扬子鳄繁殖研究中心饲养种群和浙江长兴饲养种群三个亚种群的14条扬子鳄,利用一对特异性引物扩增出扬子鳄MHC II类B基因第三外显子的部分片段,并对其进行了克隆、测序,结果从这些扬子鳄样本中共获得34种不同序列,每个亚种群内分别检测到15,9和10个不同序列。另外,第三外显子核苷酸的非同义替换率显著小于同义替换率,可能暗示了扬子鳄种群MHC II类B基因第三外显子的多态性不是由平衡选择保持的。并且在这三个亚种群中都发现有相同的等位基因,例如等位基因Alsi-29和Alsi-34,这可能表明这三个亚种群之间曾经发生过基因交换。另外,我们分别使用不同方法对梅花鹿和亳州市药品监督管理局送检的三件猴骨样品（BZ01、BZ02和BZ03）进行了分子鉴定。对于梅花鹿的鉴定,我们运用了序列特异性扩增区域（Sequence Characterised Amplified Region,SCAR）标记方法,使用100条随机引物分析了皖南地区黑麂（Muntiacus crinifrons）、黄麂（Muntiacus reevesi）、梅花鹿（Cervus nippon kopschi）和毛冠鹿（Elaphodus cephalophus）等12个动物个体的随机扩增多态DNA （ randomly amplified polymorphic DNA,RAPD）,得到一条梅花鹿物种特异性扩增片段。对该片段克隆、测序后,我们根据其序列设计出一对梅花鹿特异性鉴定引物。通过这对引物的使用使得梅花鹿样品的鉴定更加容易、快捷、可靠。而对于猴骨样品,我们则利用线粒体12S rRNA基因和Cyt b基因部分序列,通过DNA序列比对的方法对其进行了鉴定。结果表明,BZ01号样品为藏酋猴（Macaca thibetana）,BZ02和BZ03号样品为猕猴（Macaca mulatta）。另外,我们还发现,在利用DNA序列比对法进行近缘物种的鉴定时,不同种群间的DNA序列变异,可能对结果造成一定的影响。