稻米直链淀粉含量是影响稻米蒸煮食味品质的一个重要因素。一般认为直链淀粉是由蜡质基因Wx编码的颗粒结合淀粉合成酶(GBSS)催化下合成的。在Wx基因区段内有一段多态性微卫星序列(CT)n，其与直链淀粉含量有关。从云南地方稻种资源二级核心种质库中随机抽取220份材料，其中籼稻123份，粳稻97份，按GB8648-87改进简化法测定了其直链淀粉含量(AC)，结果表明，220份核心种质材料中，39％的材料AC属中水平，45％的材料AC属低水平，没有高AC水平的品种。 利用引物484/485对上述220份核心种质材料Wx基因区段内的微卫星序列(CT)n多态性进行了分析。因为CT重复片段处于Wx基因DNA片段内，(CT)n的不同就是Wx基因的不同。本研究共发现了四种(CT)n多态性，即在该座位上鉴别出4种不同的Wx等位基因Wx1Wx1、Wx2Wx2、Wx3Wx3、Wx4Wx4，除了墨江县的长毛背子谷(Wx2Wx?)和耿马县的安老谷(Wx3Wx?)两份材料在Wx座位上存在两条主带，是一种特殊的类型外，其余材料在该位点上只有一条主带；Wx基因在籼粳亚种间存在很大的差异，籼稻中以Wx1Wx1基因型为主而粳稻以Wx4Wx4基因型为主；四种基因型与直链淀粉含量存在着相关性，随主带分子量增大，直链淀粉含量呈降低趋势，其相关系数为-0.74，达极显著水平。利用该微卫星标记进行标记辅助选择可以改良稻米的淀粉品质。 利用引物484/485和引物RM190对云南元江普通野生稻(OryzarufipogonGriff.)90个单株进行了SSR分析，同时比较了不同来源地的普通野生稻(O.rufipogonGriff.)、长雄野生稻(O.longistaminata)以及尼拉瓦野生稻(O.navara)等野生稻材料Wx基因上的微卫星(CT)n多样性。在云南元江普通野生稻三个居群共90个单株中没有发现多态性，其基因型和Wx1Wx1相似但又有所区别。不同来源地的同种野生稻带型基本相同；而长雄野生稻、尼拉瓦野生稻与普通野生稻相比，Wx基因型差异较大，整个带型不同于栽培稻，是水稻品质育种的重要资源。