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安义瓦灰鸡（俗称瓦灰鸡）是江西省的一个重要地方鸡种资源,具有“三灰”（灰羽、灰胫和灰喙）特征,是国内少数现存以“灰羽”为特征的地方鸡种。到目前为止,关于安义瓦灰鸡“灰羽”形成的因果基因和因果突变尚未见报道,对于“灰羽”形成的分子机制还缺乏足够的认识。基于此,本研究以安义瓦灰鸡和宁都黄鸡为亲本构建的正反交F1代资源群体为研究对象,选取F1代群体中具有纯黑羽（Black）、灰羽（Grey）和黄羽（Yellow）表型个体各3羽,利用Hiseq2500测序平台对三种羽色共9个个体的新生羽毛毛囊组织进行转录组测序,分析不同羽色毛囊组织中差异表达基因（DEGs）,同时采用qRT-PCR验证测序准确性,随后利用GO和KEGG分析对DEGs进行注释和信号通路富集。主要研究结果如下:（1）RNA初始测序数据经过质控后,平均在每个黑羽、灰羽和黄羽个体测序文库中分别获得了67,773,426、69,693,067和68,754,708条clean reads;其中,92.2%以上的reads可比对到鸡参考基因组（galGal5.0）。（2）通过对reads的比对分析,三种羽色毛囊组织中共检测出表达基因24293个;其中黑羽、灰羽和黄羽毛囊组织中表达的基因数分别为18165个、17552个和17489个;三种羽色毛囊组织中共表达基因16480个,黑羽、灰羽和黄羽毛囊组织中特异表达基因分别为720个、351个和333个。随机选取7个共表达基因进行qRT-PCR检测,检测结果和测序结果基本一致,表明测序结果准确。（3）在黑羽和灰羽（BlackVSGrey）、黑羽和黄羽（BlackVSYellow）和灰羽和黄羽（GreyVSYellow）各对比组之间分别检测到125个、290个和61个显著的DEGs（P<0.05）,其中三个对比组中共有的DEGs有2个,分别为TYR和CRYAB。与黑羽组相比,灰羽组有68个基因显著上调表达,57个基因显著下调表达,其中与羽色形成相关的功能基因有9个,这些基因和“灰羽”形成有着密切的关系。（4）对上述DEGs进行GO功能富集分析,发现有74个源自BlackVSGrey和152个源自BlackVSYellow的DEGs被分别注释到21条和33条GO terms中,而GreyVSYellow对比组未发现显著富集的GO terms和相关通路;被富集的GO terms主要与细胞组分、分子功能和生物学过程相关;进一步通过KEGG对上述DEGs进行通路富集分析,发现一条由TYR、WNT16、WNT5B、EDNRB2等基因主导参与的黑色素生成通路与“灰羽”的形成显著相关。本研究通过对F1代群体中纯黑羽、灰羽和黄羽新生羽毛毛囊组织进行转录组测序,得到大量有用的转录本信息,通过对转录本信息进行基因注释和分析,筛选出9个可能与灰羽表型相关的功能候选基因,同时发现瓦灰鸡“灰羽”的形成与黑色素生成的通路显著相关,上述结果将为进一步鉴别安义瓦灰鸡“灰羽”因果基因、因果突变及其分子机制提供转录水平的证据。