矿业权转让制度是我国矿产资源法律制度的重要内容之一。近年来,我国矿业权二级市场中矿业公司通过股权转让为企业融资的情形越来越常见,但与此同时,由股权转让引发的矿业权转让纠纷也日益增多。我国矿产资源所有权属于国家,国家作为抽象主体无法直接行使其权利,基于此,矿产资源所有权派生出矿业权代替其行使收益、使用等权能。由于矿产资源的开发和利用与公共利益密切相关,因此,现行矿产资源法律法规对矿业权转让进行了严格的限制:不仅转让条件严格,而且审批程序复杂,并且还要缴纳一定的转让费用。矿业权转让和股权转让是两种性质不同的交易方式,由不同的法律法规调整,原本互不干扰,但实践中矿业公司股东（转让人）与受让人为了规避矿业权转让的严格限制,经常通过股权转让这一受《公司法》保护的方式达到控制矿业权的目的,使矿业权转让和股权转让这两种不同的交易方式产生交集与冲突。此种情形下,矿业权人主体地位虽然未发生变化,但却有实际控制矿业权和获取矿业权转让带来的经济效益之嫌。由于现行《矿产资源法》《公司法》及相关法规并未对这种现象作出明确规定,自然资源主管部门在管理实践中出现了不统一的做法,有的地方政府部门对股权变动与矿业权转让关系进行了严格规制,有的地方政府部门对此并未进行监管。理论界也形成了两种观点,一种观点认为,矿业权转让与股权变动是两种不同的民事法律关系,两者在转让主体、转让标的、登记程序和法律规范等方面均存在区别,因此,根据《公司法》确立的“股权转让自由”原则,即使存在矿业公司股权被全部转让的极端情形,只要矿业权主体未发生变更,就不属于矿业权转让。另一种观点认为,矿业公司股权转让导致控股股东发生变动,转让人和受让实质上在“股权自由转让”的原则下达到了间接转让矿业权的目的,此种行为有规避法律强制性规定的嫌疑,应当对此进行限制。各地法院的认识也不尽一致:有的法院认为股权变动与矿业权转让是不同的法律行为,股权变动行为并没有导致矿业权主体发生变更,股权转让合同合法有效;有的法院认为股权转让双方进行了虚假的意思表示,该虚假意思表示无效,股权转让合同应当认定为无效合同。因此,矿业公司股东转让股权时是否会导致矿业权转让,何种情况下会导致矿业权转让,需要进一步探讨,确定其法律效力。矿业公司股权变动与矿业权转让关系的厘清涉及立法、管理实践和司法三个层面。立法层面,梳理了矿业公司股权变动与矿业权转让立法现状及存在的问题,涉及的是利益分配的相关问题;管理实践层面,梳理了自然资源主管部门对矿业公司股权转让的管理态度,涉及的是监管力度的问题;司法层面,梳理了审判实践中两种不同的认定方式,涉及的是具体制度如何操作的问题。其后,通过分析股权变动与矿业权转让产生冲突的成因,发现两者之间矛盾激化的根本原因是矿产资源立法的滞后性以及不确定性。此外,并非矿业公司所有股权变动行为都会与矿业权转让产生交集,只有股权转让导致矿业公司控股股东发生变化时,两者之间才会出现冲突与争议。因此,应当通过修改矿产资源立法,使之符合矿业市场发展需求,并根据转让合同的实质内容和目的准确认定合同性质。如果所签合同是为了通过股权转让方式达到矿业权转让目的,应当认定双方进行了虚假的意思表示,股权转让合同无效。