近年来,随着经济的增长和人民生活水平的不断提高,我国的民航事业取得了更加长足的进步与发展,在高速发展的同时,我们应把民航安全作为首要关注的问题。作为民航系统的重要组成部分,航空公司的安全状况直接影响着民航的整体安全水平。而一个安全、高效的运行控制系统,是提高航空公司整体运行效率和整体运行安全性的重要保障,它将会成为公司的核心竞争力。运行控制是指合格证持有人使用用于飞行动态控制的系统和程序,对某次飞行的起始、持续和终止行使控制权的过程。航空公司的运行控制系统是一个大型的复杂系统。本文以航空公司运行控制系统为研究对象,在对国内外民航安全理论研究的基础上,运用系统工程学的思想对航空公司运行控制系统安全水平做出了分析、评价。在具体的评价过程中,首先运用SHEL模型查找出运行控制系统及其工作流程中存在的风险因素,在此基础上采用专家调查法结合运行控制系统的特点进行筛选优化,最终确定了运行控制系统安全风险评价指标体系,并运用层次分析法及MATLAB软件确定了指标权重。其次,由于系统存在许多不确定因素,其风险处于一种灰色状态,评价指标难以量化,故以灰色系统理论为基础建立了多层次灰色安全风险评价模型。最后,以吉祥航空运行控制系统以及该公司某日某一次长航线边缘天气条件下航班运行控制流程为例,对运行控制系统总体的安全水平及长航线边缘天气条件下航班运行控制流程的安全风险水平进行了综合评价,以验证文中构建的评价模型的实用性和科学性,并依据综合评价结论对运行控制系统安全提出针对性的整改措施和建议。