我国忽略生态成本的改革发展路径引发的生态系统风险，需要生态补偿给予系统性修复。生态补偿包括对遭受破坏的生态环境进行恢复与治理，对面临破坏威胁的生态环境进行预防与保护，对破坏生态环境的行为进行惩罚与禁止，对建设生态环境的行为进行奖励与优惠，对因保护环境而丧失发展机会的社会群体进行经济补偿。为提高实施生态补偿的效率，有必要探讨生态补偿的物品(服务)属性、供给主体以及供给主体内部的决策方式。 本文界定生态补偿是一种溢出性地方公共品，然后确定它的供给主体不是非政府部门，而是政府部门，必需性生态补偿尤其如此。接着，论文分析了在传统的分权模式和集权模式下政府供给溢出性生态补偿的利弊，阐明目前我国政府的生态补偿采取的是双层选择性决策机制，该机制并未能达到有效集合集权与分权优点的初衷，对淮河治理的案例分析也证明了这点。基于上述分析，笔者从规范政府间关系的角度，提出了一种新的集合集权与分权优点的生态补偿供给方式：双层议价模式，即先将生态补偿的决策权赋予地方政府，以转变双层决策为单层决策；然后通过地方政府间议价确定各自地区的贡献比例，以消除地区外部性对社会福利的影响；最后再通过中央政府与地方政府对纵向转移支付额度进行议价，以平衡中央与地方收支重心不一致带来的影响。本文进一步指出，正在建设的主体功能区作用的发挥同样离不开政府间的议价。要获得显性化，规范化，效率化的政府间议价结果，就必须确保议价的公平和自由，这需要建立相应的制度——政府间议价支持系统——来保证。