我国工业化和城市化进程的推进使得跨界水污染纠纷增多,上下游府际关系日趋紧张,打赢跨界水污染防治攻坚战已成为生态文明建设的一项重大工程。闽江流域水污染治理对福建省绿色发展方式的转变和宜居环境的打造起着举足轻重的作用,然而在当前流域“碎片化”治理模式下,府际间难以达成生态协同治理理念,加上治理方式较为单一,治理效果的显著性难以提升。因此为保持流域整体性特征,亟需改革传统的环境管理体制,在上级政府管制的情况下加强府际间的横向协调统一,并积极鼓励企业、公众等多元主体共同参与跨界水污染的治理,形成生态共治格局。本文从府际关系研究视角,梳理归纳了国内外跨界水污染治理的相关研究,并运用协同治理理论、公共产品理论等基础理论为全文研究提供理论指导。同时基于已有研究,创新性地构建了无省（市）级政府管制和省（市）级政府管制下地方政府分割治理与协同治理四种情境下的演化博弈模型,通过相应的复制动态微分方程,求解流域地方政府的演化均衡以及演化稳定策略,并进一步剖析相关参数变化对鞍点位置的影响,从而把握流域地方政府间的行为演化规律,掌握影响流域地方政府行为演进的因素。研究认为流域管理制度会影响地方政府行为策略的选择,此外,为使双方达成协同治理应加强省（市）级政府的管制,如促进政府绩效考核制度和财政体制的改革。当然,为降低水污染的负外部效应,还应充分发挥市场化手段,并注重社会公众的参与。为了考察以上四种博弈模型中地方政府治理策略选择对自身效用以及流域整体社会福利的影响,本文以效率和公平两个标准对政府博弈行为的效用进行比较分析,认为省（市）级政府管制且跨界水污染协同治理,博弈双方最有可能获得最高效用,整体社会福利也将得到最大提升,最终实现效率与公平的统一。在此基础上,本文通过考察闽江流域跨界水污染治理实践,剖析流域间政府在治污过程中存在的困境以及困境生成机理,并结合国内外相关治理的实践经验,从法律体系、制度保障、协同治理体制及产业结构等方面提出了相关的对策建议,以期为完善府际协同治理体系和提升治理能力,有效解决闽江流域跨界水污染治理问题提供有益参考。