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整合优化医学微生物学实验课内容为基础技能与验证性实验、系统性实验和设计性实验三部分。基础技能与验证性实验在理论授课的同时进行，利用多媒体讲解实验的原理、方法及技术要点，让学生提前观看教学网站上相关操作演示视频，教师示范操作后再让学生独立实验，着重强调掌握微生物学的无菌操作技术、染色技术、显微技术和纯培养等实验操作技能。系统性实验在大多数理论课完成后进行，实验时间可根据实验内容进行相应调整，主要采取以问题为基础的学习（problem-based learning， PBL）。设计性实验在实验课后期、理论课结束后进行，由学生自愿参与，采用科研课题与实验教学融合实施。从预习实验到实验操作、实验报告，直至最后的实验考试，形成贯穿教学全过程的多方位考核。