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21世纪中国高等教育改革的主要目标是实现跨越式发展。大学制度创新是高等教育跨越式发展重要的自变量。我国大学制度创新的主要任务是：改革单位制度，按照学术组织的基本属性重塑大学的制度结构；消解制度化精英主义的思维模式和管理方式，营造平等竞争的大学制度环境。大学制度创新过程中，应避免路径的单一化，在移植“外生性”制度安排的基础上发展“内生性”的制度安排，做到他律与自律的结合。