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哈尔滨医科大学附属第二医院麻醉科创建于1957年。目前的医疗设置为临床麻醉、麻醉后恢复室（PACU）、ICU、疼痛诊疗以及黑龙江省高校重点实验室五个部分。为了加强麻醉学科建设，哈尔滨医科大学在2005年11月成立了哈医大麻醉学系，依托于第二临床医学院，整合哈医大第一、第二、第三、第四临床医学麻醉科，在医教研各方面形成一个整体，显示出非常强的综合实力。